NCBI查找基因序列:酵母菌的细胞色素C与异柠檬酸裂解酶

又是一个NCBI查找基因序列的实例分析。虽然我已经写过很多篇了,不过,这方面的需求还是挺大的。其实只要去google一下,就能找到我以前写的文章,看一看就会了。

一般而言,大多数人的问题是:在NCBI上面总是出来太多结果,无法筛选。

这次的NCBI查找基因序列的例子

菌名:酵母菌 (yeast、Saccharomyces cerevisiae)
基因:细胞色素C (Cytochrome C)、异柠檬酸裂解酶  (isocitrate lyase)

大概的思路

1,先确定英文名。上面已列出。不对的话请自行改正。呵呵。

2,打开NCBI,用yeast关键词在Taxonomy数据库搜索。得出yeast(其实是 baker’s yeast )的拉丁文是Saccharomyces cerevisiae,并且有一个问题需注意,酵母菌下还是有一些种的。这个在后面继续会提到。再得出酵母菌的txid=4932。看下图:

酵母菌的txid=4932

酵母菌 (yeast、Saccharomyces cerevisiae)

2,知道了酵母菌的txid=4932后,接下来就好办了。

关键词:txid4932[Organism:noexp]  数据库:Protein  结果数为36,451

关键词:txid4932[Organism:exp] 数据库:Protein 结果数为64,448 

 第二个关键词是包含了酵母菌下的所有种,所以数量多些。至少这个的具体分析,请去找以前的文章吧。

3,上面已经定位到了酵母菌下的所有蛋白的基因了。上面如果要找核酸的,把数据库选择为Nucleotide就行了。接下来就是定位到基因某个基因了。

关键词:txid4932[Organism:noexp] “isocitrate lyase” 数据库:Protein  结果为11

关键词:txid4932[Organism:noexp] “Cytochrome C” 数据库:Protein  结果为616

异柠檬酸裂解酶  (isocitrate lyase) 的结果为11,那这11个基本就是的了。 细胞色素C (Cytochrome C)的结果就偏多了,不大紧。接下来再选择属于Refseq(NCBI的参考序列)的。NCBI的参考序列都是经过专家注释过的,可信度较高。所以细胞色素C (Cytochrome C)的结果就只有48个了。看下图;

NCBI查找基因序列:酵母菌的细胞色素C与异柠檬酸裂解酶

 

最后就是靠自己判断了。看看序列注释信息,验证一下就行了。

7 回复
  1. chd1999 says:

    请教博主:您在第3步的时候,为什么只搜索“酵母菌的细胞色素C与异柠檬酸裂解酶”,而不是搜索“酵母菌所有种下的细胞色素C与异柠檬酸裂解酶”。个人认为在酵母菌及所有种下搜索才能不漏搜啊。谢谢

引用通告 & 通告

  1. ……..

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