是这么回事的，整理一下一些有用的提问。感谢大家的提问。
网友sun：
我从miRbase数据库下载到了,matrue.fa,即里面有测出来的物种的成熟miRNA,里面有human 我想用perl把human的提出来另外存到一个文件.这是其中人的一条的
>hsa-miR-96 MIMAT0000095 Homo sapiens miR-96
UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU
怎么把所有的都提出来.
ps:正则表达式不是这个$s=~/^>hsa/期待你的回信.
有接触过miRbase数据库的，都知道miRNA的命名Human是用hsa开头，Mouse是用mmu开头，Rat是用rno开头。
解释一下
忘了大伙对Fasta格式可能有不明白的，我来稍微解释一下上面的话。比如有一个文件：matrue.fa。里面存放的内容的格式是这样子的：
>hsa-miR-96 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU >mmu-miR-96 AAAGGCACUAGCACUCGAUCGA >rno-miR-85 UAGUCUGCAUGUUGCACAGUGUA
上面只是举一个为例子，数据都是批量的。想要取出以hsa命名开头的数据，取出来的结果是：
>hsa-miR-96 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU ……
这样子就有了下面的Perl脚本：
提取Fasta序列的Perl脚本
#!/usr/bin/perl
$/ = '>';
print '>';
while(<>){
print if(/hsa-/);
}
这样就实现了从Fasta格式的文件中提取序列的目的，如果你再稍微改改，类似GenBank格式的也是可以提取的。还有好多，只要有唯一分隔符的都可以，不一一列出。
提醒一下：
$/ = '>';
强大之处是用了这句，自行慢慢体会。
有点相关的文章
- Perl:FastQ与FastA格式的相互转换 (0.849)
- Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图 (0.652)
- 如何用perl处理测序文件 (0.545)
- perl常用的内置特殊变量 (0.545)
- perl:使用system函数 (0.545)
- USENET新闻组简介 (RANDOM - 0.500)
嘿嘿，没看懂，
新年快乐
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坐一下老卢的大腿，也没看懂
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汗，看得云里雾里 ~![[呲牙]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_cy.gif)
对了，博主应该有从php转到perl的经历吧 ~
能否简述下过程 ~ 小邪有点心动 ~
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你也想学Perl?![[呲牙]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_cy.gif)
我是要用到Perl才学的啊.
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佩服数据分析![[呲牙]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_cy.gif)
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问问楼主有什么好方法可以进行批量数据的PAML分析？比bioperl好的方法，呵呵![[握手]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_handshake.gif)
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PAML不是建进化树的么? 不是太能理解你的意思~
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这句是什么意思？
$/ = '>';
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你可以自己测试一下啊。你找一个fasta格式的序列。
#!/usr/bin/perl
while(<>){
print;
}
第二种是:
#!/usr/bin/perl
$/='>';
while(<>){
print;
}
试了你就知道了呗~~![[ok]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_ok.gif)
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非常感谢您的回复，PAML是算核苷酸替换率的，http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:PAML
非常喜欢你的博客，很多内容都很有用。
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好好加油吧，更上一层楼。
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真是太专业了，我完全看不懂
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好专业，学习了
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太专业了，我看不了啊
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您好，请问一下，怎么把提取出来的序列保存在一个新的文件里？谢谢了。
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大于号 > 输出啊
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想请问一下各位大虾，我现在有一个达6G的txt数据，也是用'>'分开的，采用上面的方法提取每条染色体下面的数据，结果生成了几千个只有'>'的文件，不知是咋回事？另外，如果想要达到我的目的，有没有什么不太耗内存的方法？多谢啦先！~~
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具体问题具体分析嘛。可到yunbio.com提问哦
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类似于http://liucheng.name/1205/
#Usage:perl fasta2.pl in_fasta out_file
in_fasta，out_file写在哪行？如何读文件以及如何输出结果？
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楼主还有一个问题：
如何批量定点提取序列，即CDS-Genome作BLAST比对之后，要提取ATG上游2000bp的序列！
如：
正链/正链（plus/plus）
>subject1
Query 1 ATCG
Subject 5186 tagc
这里有个特征是Query 1下一行对应的Subject后的数字(5186)减2000，即subject1中提取3186到5186
此外，如何提取CDS下游2000bp的序列？
若（plus/plus），在下一个">"到上一个">"之间在所有Subject这一行取最大数，直接加2000
若（plus/minus）在Query这一行取最大数，再看Subject这一行对应的数值，然后减2000
望不吝赐教！谢谢
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请到yunbio.com提问。。
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I totally agree. Wish there were more people who see things this way. Thank you!
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