《快速提取序列的Perl脚本》的评论 http://liucheng.name/1202/ _SEO|摄影|WordPress|博客 Wed, 08 Feb 2012 07:56:34 +0000 hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.1 作者：柳城 http://liucheng.name/1202/#comment-31692 柳城 Fri, 01 Jul 2011 01:13:25 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-31692 请到yunbio.com提问。。 请到yunbio.com提问。。

]]> 作者：tempo8 http://liucheng.name/1202/#comment-31644 tempo8 Thu, 30 Jun 2011 08:10:00 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-31644 楼主还有一个问题： 如何批量定点提取序列，即CDS-Genome作BLAST比对之后，要提取ATG上游2000bp的序列！ 如： 正链/正链（plus/plus） >subject1 Query 1 ATCG Subject 5186 tagc 这里有个特征是Query 1下一行对应的Subject后的数字(5186)减2000，即subject1中提取3186到5186 此外，如何提取CDS下游2000bp的序列？ 若（plus/plus），在下一个">"到上一个">"之间在所有Subject这一行取最大数，直接加2000 若（plus/minus）在Query这一行取最大数，再看Subject这一行对应的数值，然后减2000 望不吝赐教！谢谢 楼主还有一个问题：
如何批量定点提取序列，即CDS-Genome作BLAST比对之后，要提取ATG上游2000bp的序列！
如：
正链/正链（plus/plus）
>subject1
Query 1 ATCG
Subject 5186 tagc
这里有个特征是Query 1下一行对应的Subject后的数字(5186)减2000，即subject1中提取3186到5186

此外，如何提取CDS下游2000bp的序列？
若（plus/plus），在下一个">"到上一个">"之间在所有Subject这一行取最大数，直接加2000
若（plus/minus）在Query这一行取最大数，再看Subject这一行对应的数值，然后减2000

望不吝赐教！谢谢

]]> 作者：tempo8 http://liucheng.name/1202/#comment-31642 tempo8 Thu, 30 Jun 2011 07:54:43 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-31642 类似于http://liucheng.name/1205/ #Usage:perl fasta2.pl in_fasta out_file in_fasta，out_file写在哪行？如何读文件以及如何输出结果？ 类似于http://liucheng.name/1205/
#Usage:perl fasta2.pl in_fasta out_file
in_fasta，out_file写在哪行？如何读文件以及如何输出结果？

]]> 作者：柳城 http://liucheng.name/1202/#comment-24701 柳城 Fri, 28 Jan 2011 02:42:49 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-24701 具体问题具体分析嘛。可到yunbio.com提问哦 具体问题具体分析嘛。可到yunbio.com提问哦

]]> 作者：柳城 http://liucheng.name/1202/#comment-24700 柳城 Fri, 28 Jan 2011 02:42:29 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-24700 大于号 > 输出啊 大于号 > 输出啊

]]> 作者：motianfeng http://liucheng.name/1202/#comment-21865 motianfeng Wed, 01 Dec 2010 02:45:04 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-21865 想请问一下各位大虾，我现在有一个达6G的txt数据，也是用'>'分开的，采用上面的方法提取每条染色体下面的数据，结果生成了几千个只有'>'的文件，不知是咋回事？另外，如果想要达到我的目的，有没有什么不太耗内存的方法？多谢啦先！~~ 想请问一下各位大虾，我现在有一个达6G的txt数据，也是用'>'分开的，采用上面的方法提取每条染色体下面的数据，结果生成了几千个只有'>'的文件，不知是咋回事？另外，如果想要达到我的目的，有没有什么不太耗内存的方法？多谢啦先！~~

]]> 作者：cricketlyz http://liucheng.name/1202/#comment-20116 cricketlyz Mon, 18 Oct 2010 12:48:20 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-20116 您好，请问一下，怎么把提取出来的序列保存在一个新的文件里？谢谢了。 您好，请问一下，怎么把提取出来的序列保存在一个新的文件里？谢谢了。

]]> 作者：电脑资讯网 http://liucheng.name/1202/#comment-14564 电脑资讯网 Wed, 21 Jul 2010 15:13:52 +0000 http://liucheng.name/?p=1202#comment-14564 [偷笑] [偷笑] [偷笑] [偷笑] 专业 [偷笑] [偷笑] [偷笑] [偷笑] 专业

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