今天再来分享一小段Perl脚本，其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。
网友niche Says:
你好，你有没有分割fasta文件的perl脚本，我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件，谢谢！
如果不懂fasta文件，可以再看一下解释：
或是查看: Fasta格式的详细说明
>cel-miR-1 MIMAT0000003 Caenorhabditis elegans miR-1 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA >cel-miR-2 MIMAT0000004 Caenorhabditis elegans miR-2 UAUCACAGCCAGCUUUGAUGUGCUAUCACAGCCAGCUUUG UAUCACAGCCAGCUUUGAUGUGC ……
其中标识符就是大于号'>'。按两个为一组分成若干个文件。大意上是这样。
分割fasta文件
#!/usr/bin/perl
#fasta2.pl
#Usage:perl fasta2.pl in_fasta out_file
open(IN,"<$ARGV[0]");
$i = 0;
$j = 1;
while(<IN>){
if(/^>/){
$i++;
}
if($i == 3){
$j++;
$i = 1;
}
open(OUT,">>$ARGV[1]_$j");
print OUT $_;
}
注： in_fasta是指要处理的fasta文件。
out_file是指输出的文件。（如命名为out, 则生成的文件名为out_1, out_2, out_3等）
主要是利用循环嘛，第一步是按大于号'>'来统计个数。再用$j来循环输出文件名。
有点相关的文章
- 用Perl抓取网页和提交表格 (0.565)
- 用perl匹配字符串并返回该匹配的位置 (0.565)
- 用perl统计一个六种类型的数据 (0.565)
- Perl:FastQ与FastA格式的相互转换 (0.500)
- 两种办法批量去掉重复数据 (0.500)
- 收到《Perl语言编程（第三版）》 (RANDOM - 0.065)
很好，支持一下。。。
[回复]
LC,非常感谢，编的很简洁，我完全看懂了。用perl来处理fasta文档真的很方便
[回复]
嘎嘎，老兄，那个，fasta是啥？
[回复]
一种格式啊, 就是数据严格按照这种格式保存在文件里.以>开始. 其实上面有解释的.
[回复]
额，不好意思，没说清楚 ~
其实小邪想问的是这个格式是拿来做什么的？
看了上面，难道这个格式只是DNA之类专用的？
[回复]
的确是.. 自从DNA测序后, 规定了这种格式(其中一种,当然还有其它类型的格式)来存放的序列.. 是跟我打交道最多的一种格式啊.
[回复]
基础太差，完全木有看懂。。。![[衰]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_shuai.gif)
[回复]
呵呵.. 好说.. perl的符号比较奇怪..![[呲牙]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_cy.gif)
[回复]
为什么不能运行啊。那个输入的文件叫什么名字啊
[回复]
就是我把你的程序拷贝到txt后，改名为fasta2.pl，然后用cmd里运行perl fasta2.pl，我安装activeperl了。我的序列文件名字叫in_fasta,需要后缀名吗。基础太差了。呵呵，谢谢
[回复]
Usage:perl fasta2.pl in_fasta out_file
不用后缀。用cmd要注意路径。如c:/fasta2.pl
不用后缀，里面格式是fasta就行。
[回复]
多谢啊，我知道我为什么不能运行了，我cmd输入的命令只是“perl fasta2.pl ”
我输入“perl fasta2.pl in_fasta out_file”，就运行的很好了，真的很神奇啊。
Usage是输入命令的意思吗？刚刚接触perl，十分感谢。你这个博客真是对搞生物信息学的雪中送炭啊！
[回复]
usage是用法的意思.. 呵呵.. 输入命令也差不多了
[回复]
以前听说Perl脚本是黑客必修的一门脚本，现在还是这么流行？
[回复]
现在.. 没那么流行了. 前段时间看了排名, 应该是第六..
可能黑客还是会学这个的..
[回复]
我把你的程序拷贝下来放在一个记事本中，然后保存为fasta2.pl格式，放在D盘其中一个文件中，我把高粱全基因序列sbi1.fasta改为in_fasta.fasta文件也放在这个文件中， 在cmd中找到这个文件的目录然后输入
perl fasta2.pl in_fasta out_file，怎么没有反应啊，不知道为什么，请您指教，第一次接触perl,不懂的太多，但是对我们实验帮助太大，不得不掌握啊。
[回复]
要有完整的目录.那只是例子而已了.如c:/in_fasta.fasta
~ 有问题请到yunbio.com
[回复]
很细。
[回复]
什么东西，瞧瞧
[回复]
很不错，正好用得我的文件中了。
[回复]