在前些日子，我已经发表过一篇文章，指出Blast较低版本的一个Bug，是非标准密码子的问题。有兴趣的请围观：http://liucheng.name/1109/

又一个BUG的发现

最近有一个同事，在使用Blast时又发现一个奇异的结果。如用下面的氨基酸序列做Blastp：

>Q16653|MOG_HUMAN Myelin-oligodendrocyte glycoprotein OS=Homo sapiens
MASLSRPSLPSCLCSFLLLLLLQVSSSYAGQFRVIGPRHPIRALVGDEVELPCRISPGKN
ATGMEVGWYRPPFSRVVHLYRNGKDQDGDQAPEYRGRTELLKDAIGEGKVTLRIRNVRFS
DEGGFTCFFRDHSYQEEAAMELKVEDPFYWVSPGVLVLLAVLPVLLLQITVGLVFLCLQY
RLRGKLRAEIENLHRTFDPHFLRVPCWKITLFVIVPVLGPLVALIICYNWLHRRLAGQFL
EELRNPF

这个序列Q16653是来自Uniprot的。BlastDB是选择human的氨基酸序列，Blsat版本是用2.2.21，Blast程序选择Blastp。结果却没有匹配上，最好一个匹配也才40%的相似性。

BUG的原因分析

当然了，一开始并没有怀疑过Blast版本的问题。

经过一段时间的分析后，慢慢排除掉其它的可能性，最后锁定在Blast版本问题上，拿上面的序列去NCBI做Blastp，并没有发现问题。NCBI的Blast版本是2.2.22，也是目前最新的版目。

另外，在低于2.2.21版本的Blast里也没发现问题（当然只是找了其中一个版本来测试，不可能所有版本都测试）。

所以最终确认，这是Blast2.2.21版本的一个Bug。

未解决的问题?

请注意上面序列的红色字体部分：LVF，把它改为：LIF。再用同样的条件做Blastp，结果完成正确。但V是缬氨酸，是非常常见的一个氨基酸，到处都可见。所以不是非标准密码子的问题。

至少这个BUG的原因，就无从测试起了，只能大概地推测这个V在某些情况下会引起这个BUG。