批量做Blast的问题还是蛮多网友问起的。既然这样，在这里就稍微讲讲吧。其它的Blast基础知识就略过了，不懂的就去Google本地Blast用法。

这篇文章默认为你已有了Blast的基础。

批量Blast

就是指多个序列的Blast。其实我也不明白为什么会有这么多人提这个问题，批量Blast就跟单个Blast一样的。

我们都知道，默认参数下的blastn是这样的：

blastall -p blastn -d BlastDB -i in_file.fasta  >blast_output

当in_file.fasta里面只有一个序列时，就是单个Blast啊。in_file.fasta也可以放多个Fasta格式的序列，这样子就是批量Blast了。

当然了，麻烦的是批量Blast之后的结果，一个的话我们可以看得了，当批量上千个时，我们不可能一个个看到的。这种小事情Blast早就想到了。这就引进了-m8参数。-b5参数是指显示匹配的前5个结果（默认好像是500个，忘记了）。

blastall -p blastn -d BlastDB -i in_file.fasta  -m8 -b5 >blast_output

-m8参数的输出结果有12列，每一列的解释如下(用Tab键隔开的)：

例子

Query_id,Subject_id,%identity,alignment_length,mismatches,gap_openings,q.start,q.end,s.start,s.end,e-value,bit_score
A_query    B_Sbjct    97.61    585    3    3    309    886    94498    95078    0.0    1017
A_query    B_Sbjct    100.00    303    0    0    913    1215    95092    95394    2e-172    601
A_query    B_Sbjct    100.00    209    0    0    1    209    94196    94404    3e-116    414
A_query    B_Sbjct    100.00    123    0    0    1234    1356    95413    95535    6e-65    244

这样子的结果就方便后面的分析工作了。

推荐的命令行如下：

blastall -p blastn -d BlastDB -i in_file.fasta  -m8 -b5 -b1 -a2 -FF >blast_output

-a2参数是用二个CPU，加速。-FF是不过滤简单的重复序列和低复杂度的序列（默认是过滤的）。

其它更详细的参数，直接敲打blastall命令就能看到了。

延伸阅读：

1. 构建Web页面的Blast(windows/linux)
2. 本地blast的详细用法
3. 如何构建本地Blast？
4. Bioperl:使用和解析 BLAST
5. blast formatdb 介绍