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Blast的汇总,从入门到应用

Posted on 18 五月 2010 by 柳城 ,阅读 2,637

Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友,没玩过Blast,那好像是不大可能的。

Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门,但要真正学好,还是蛮复杂的。但是常用的,还是要了解一些的。

今天就来汇总一下,关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。

都是热门啊。

Blast入门

1,什么是Blast?

BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具:  http://liucheng.name/1008/

Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较......................

2,NCBI 里用到的几种不同的Blast(核酸的)

BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别: http://liucheng.name/1009/

三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法.............

3,NCBI 里用到的几种不同的Blast(蛋白的)

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍:http://liucheng.name/1010/

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对..............

4,NCBI里的各个Blast库

NCBI在线blast数据库的简要说明:http://liucheng.name/476/

Blast下载

最新版的blast下载:http://liucheng.name/785/

你可以直接通过登陆到NCBI的FTP直接下载。通过迅雷和快车等工具也是可以的。

ftp  ftp.ncbi.nlm.nih.gov

本地Blast的构建

在对核苷酸或蛋白质序列数据库进行Blast搜索之前,必须要对所使用的序列数据库进行formatdb, 即对序列数 据库进行格式化,这是所有使用BLAST所必须的一步。

NCBI Blast的应用

高级应用:批量Blsat

高级应用:BioPerl与Blast

Blast的BUG与注意

某些Blast版本是存在BUG的。一般情况下不容易碰到。最好的做法还是要及时升级到最新版本。

~完。连我自己都惊讶。一整理。居然有好多文章。

转载请注明 : 来源于 Blast的汇总,从入门到应用 | 柳城

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48条评论 于 “Blast的汇总,从入门到应用”

  1. 博百优 博百优 Says:

    我也是刚Blast入门的

    [回复]

    柳城
    柳城 回复:

    真的??
    这样发广告不可取哦 [抱拳]

    [回复]

    博百优
    博百优 回复:

    [疑问]
    我是进来学技术的,怎么说成是广告了?

    [回复]

  2. 博百优 博百优 Says:

    技术性的东西,没有怎么接触。
    但多学点还是有好处的!

    [回复]

  3. 久酷 久酷 Says:

    搞这么先进? 生物技术........

    [回复]

  4. Jessie Jessie Says:

    顶一下~

    [回复]

  5. 猫哥 猫哥 Says:

    不懂的路过。

    [回复]

  6. zwwooooo zwwooooo Says:

    不懂啊,生物方面

    [回复]

  7. 冷轩信 冷轩信 Says:

    生物技术。。。。。

    [回复]

  8. 苏扬 苏扬 Says:

    下回去给咱MM玩,人是学生物的 吼吼!

    [回复]

  9. ifenwen ifenwen Says:

    博主是什么专业的啊 高科技生物技术啊

    [回复]

    柳城
    柳城 回复:

    就生物技术,没有高科技。呵

    [回复]

  10. ropean ropean Says:

    博主,你好!
    经常在您的博客上评论,想做个调查,请您一定参与,谢谢。
    具体内容,请参考:http://www.ropean.org/SEO/Spam.htm
    感谢您的配合!

    [回复]

  11. 不是咸鱼 不是咸鱼 Says:

    我过来看看

    [回复]

  12. lionsun lionsun Says:

    Blast不错的,很好用

    [回复]

  13. 卢松松 卢松松 Says:

    没玩过 呵呵

    [回复]

  14. 不是咸鱼 不是咸鱼 Says:

    今天怎么没更新内容啊?

    [回复]

    柳城
    柳城 回复:

    哈哈。懒嘛。刚刚更新了 :)

    [回复]

  15. www.13uu.net www.13uu.net Says:

    雪鞋了!

    [回复]

  16. 博百优 博百优 Says:

    这些看上去有点复杂啊,哈哈

    [回复]

  17. 博百优 博百优 Says:

    来看看啊

    [回复]

  18. 博百优 博百优 Says:

    这个我看不懂 我还是喜欢 博百优商城 汉王美女

    [回复]

  19. SOT HOP SOT HOP Says:

    高科技!生物学

    [回复]

  20. 恩施 恩施 Says:

    来看看啊

    [回复]

  21. cccmarket cccmarket Says:

    惭愧,同学生物技术只能飘过了。

    [回复]

  22. 请输入关键词 请输入关键词 Says:

    一点都不懂。。

    [回复]

  23. 热门事件 热门事件 Says:

    我也不懂

    [回复]

  24. 问学堂官方 问学堂官方 Says:

    太高难了

    [回复]

  25. hydRAnger hydRAnger Says:

    很好,受教了,谢谢 [抱拳]

    [回复]

  26. 打工 打工 Says:

    不懂生物方面 [偷笑]

    [回复]

  27. 眯眯熊 眯眯熊 Says:

    试着弄个本地blast玩玩。

    [回复]

  28. 惠州驾校 惠州驾校 Says:

    呵呵!讨论这个比较冷门,行外人看不懂啊

    [回复]

  29. 山特ups电源 山特ups电源 Says:

    过来看看了

    [回复]

  30. 琼琼 琼琼 Says:

    刚入门受益匪浅 [可爱]

    [回复]

  31. 琼琼 琼琼 Says:

    好样的 [抱拳]

    [回复]

  32. osa品牌服饰旗舰店 osa品牌服饰旗舰店 Says:

    这个东西真的好难啊

    [回复]

  33. 西安seo 西安seo Says:

    再次来学习!

    [回复]

  34. 静脉曲张袜 静脉曲张袜 Says:

    像高手学习了!!

    [回复]

  35. tvbear tvbear Says:

    我想请教一个问题:就是我用引物找出的序列都是反向互补序列,在进行blast检索前用变成正向的再检索码?希望能尽快回答,谢谢!

    [回复]

  36. wind wind Says:

    请问blast 结果中的NG NT NM等到底是什么意思?
    万分感谢

    [回复]

  37. 去黑头面膜 去黑头面膜 Says:

    进来看看!!!

    [回复]

  38. 静脉曲张医院 静脉曲张医院 Says:

    进来看看!!!

    [回复]

  39. 成都癫痫病医院 成都癫痫病医院 Says:

    终于等到更新了,写的很给力...

    [回复]

  40. 成都癫痫医院 成都癫痫医院 Says:

    很不错啊,学习一下。

    [回复]

  41. 四川癫痫医院 四川癫痫医院 Says:

    来瞧瞧…......
    .

    [回复]

  42. 成都治疗癫痫 成都治疗癫痫 Says:

    文章很不错,支持

    [回复]

  43. 成都治疗癫痫 成都治疗癫痫 Says:

    进来看看

    [回复]

  44. 邳州房产网seo 邳州房产网seo Says:

    怎么全是英文?

    [回复]

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