LIUCHENG.NAME教程:如何把clusterX的结果转为漂亮的图片

序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal W(Dos版本)很适合这些方面的要求,Clustal X是window版本。

用Clustal比对后的序列,有时候我们需要转为图片放在文章作详细方析,但大部分人的方法都是直接截图,这样的后果就是图片一点都不美观。如果你是想要发表文章或其它比较重要的用途,图片的质量还是需要高一点的。

今天LIUCHENG.NAME教大家如何把clustalX的结果转为漂亮的图片的方法,你可以根据需要设置每一行显示的字母数,是黑白的还是彩色的,够酷吧。先来看个效果图吧。

如何把clusterX的结果转为漂亮的图片

 

这里需要用到两个软件,一个是Clustal X,这个就不用说了。这时相信你已经有了clusalX序列比对后的结果,有两个文件,一个是.aln文件,存放多序列比对的结果。一个是.dnd文件,根据需要,可以转为系统发育树图,这个就不在今天的教程内了,有需要以后可以讲,-:)。

现在重点讲另一个软件,DnaMan。DNAMAN美国Lynnon Biosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件,几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作,包换多重序列对齐、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。可往这里下载http://www.pharmnet.com.cn/conf/rjsj/action.cgi?f=page_1_&t=page_1_&id=98227

1,打开DnaMan,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”,载入Clustal X比对后的.aln文件

dnaman

2,点击options,参数设置,在这里,你可以设置每行显示的序列,是否显示一致序列,彩色或黑白等。 

dnaman2

dnaman3

3,点击Output,输出为图形文件,这样子就大功告成了,如果还不满意,可以在参数设置进行微调,直到你满意为止。这里需要注意,每次输出图片都要命名为不同的文件名,好象不会覆盖,这个比较奇怪。深色部分表示完全匹配的碱基,浅色为部分匹配。
dnaman4

今天的教程就到此为止了。最后,有什么问题请留言,有什么其它需要也请留言,如果有必要的话,LIUCHENG.NAME会继续出教程的。

31 回复
  1. yyp says:

    刚刚试了下,还蛮好用的,但是那上面只能显示四个颜色,
    我想问一下怎么样才能做出和CLUSTALX上比对结果一样的图?谢谢!

    zhenglc 回复:

    图是一样的啊~你是指颜色也要一模一样是吧?
    千万不要,一般黑白最好.很少看文献里的图是五颜六色的。
    clustalx里也是四种颜色的。默认。在帮助文档里看到了:
    By default, if no color parameter file is found, protein sequences are colored by residue as follows:

    Color — Residue Code

    ORANGE — GPST
    RED — HKR
    BLUE — FWY
    GREEN –ILMV

    In the case of DNA sequences, the default colors are as follows:

    Color — Residue Code

    ORANGE –A
    RED — C
    BLUE –T
    GREEN — G

    yyp 回复:

    噢,原来是这样,我看到我们老师做的图就是很多颜色的,看上去好像好看些,呵呵,谢谢啊

  2. insidi says:

    bioedit就可以很利用内嵌的clustalW 轻松作出比对图,黑白彩色都很棒~~~~~~~同时可以直接导出图片!

    柳城博客 回复:

    呵呵。欢迎常来交流~~

    LAOJIAJQ 回复:

    谢谢兄弟拉!!

    LAOJIAJQ 回复:

    兄弟,如何实现你说的Bioedit 内嵌clustalW呀。是不是Bioedit自带了?在哪个菜单,我怎么买找到呀

    insidi 回复:

    bioedit自带的!accessory application–clusterW!good luck!

    insidi 回复:

    bioedit比对完后,file–graphic view即可!

    maylink 回复:

    你好,我点graphic view之后只出现打印预览图,不会保存图片,而且和设置的参数效果图还不一样,能指点一下吗,谢谢!

    insidi 回复:

    graphic view后,点edit后就有保存的菜单!graphic view显示的就是你比对后的结果!比对后选择不同显示形式,graphic view也自然会改变!
    当然,graphic view中也有很多设置选项,常用的就是画布的高和宽及每行显示的碱基数!
    推荐你使用汉化版吧,上手快一点!

    zzz 回复:

    是呀,不能直接输出为图片啊,怎么样才能直接输出为图片呢?
    请指点!多谢!

    insidi 回复:

    graphic view显示比对结果后,在菜单edit中就有保存图片的选项,保存后就可以直接粘贴到word/excel或者画图中。Good luck! [ok]

    zzz 回复:

    呵呵,是这样的,非常感谢!

  3. Joycrab says:

    你好!我用该方法比对序列的时候发现最后一个碱基在图标输出的时候不显示……请问有方法解决么?

    柳城博客 回复:

    你所描述的问题,没办法明白.你可以把截图发到我的邮箱.zhengliucheng@qq.com。不会显示最后一个碱基,貌似不大可能

    Joycrab 回复:

    非常感谢你的热心回复!我已经自己解决了这个问题
    您的这篇文章对我帮助很大,再次表示感谢!

    Himmy 回复:

    你好,我也遇到了跟你相同的问题,不知道你是怎么解决的?我怎么弄最后一个还是不显示,不知道怎么搞的,郁闷了

    Joycrab 回复:

    呵呵,我上次是每条序列后面多加一个氨基酸,这样刚好最后一个多加的看不到也不影响,最近一次使用这个方法没有这个现象比较奇怪。我推荐你查查你比对的序列是不是又*之类,不行就用我那个土办法把,祝好运 [呲牙]

    Himmy 回复:

    好的,谢谢啊,我最后也是这样处理了

  4. a snai says:

    我是在网上搜索如何提交序列时,偶然看到你的博客,很实用。我是刚开始涉及生物信息学这块,主要学抗病基因筛选和分子标记这块,这三个月虽然有所小收获但遇到的问题也不比人类基因组的碱基个数少啊~~~!!但你的这些内容真的是很实用的技巧,假如自己摸索肯定得费半天劲。呵呵,以后不懂的还常向你请教。

    柳城 回复:

    欢迎到yunbio.com多交流。

  5. zhyu says:

    有一点没想明白请指点,就是DNAMAN本身就可以做蛋白序列的多重比对,为什么还要从clustal X中导入,这不多此一举吗?请问是不是DNAMAN的多重比对效果没有clustal好?

    柳城 回复:

    这个嘛。没对比哪个好呢~~

  6. qiqi says:

    请教一下,为什么我导入指定文件时发现并不能显示.aln扩展名的文件只有改为打开所有文件时才能导入,导入后显示的和ClustalX的结果也不一样,没有比对上的碱基也在上面,大大影响了我的图,不明白为什么,用记事本打开.aln文件的时候明明看不到那些没比对上的碱基啊,

  7. 小景 says:

    请教一下,如何分析最后出来的图形,刚刚涉及这个领域不怎么清楚,还望指点一下

  8. pengpeng says:

    楼主说的方法很有用,但是danman在处理aln文件时对于—–(空的碱基个数)它往往读不准,所以会把aln文件中的序列移位,请问要怎么解决呢?

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