图文讲解:知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?

Posted on 12 四月 2009 by 柳城 ,阅读 2,251 简洁版 繁體

NCBI上查找基因,挺多人都在问这个。当然,对于经常泡NCBI的人来说,查找基因是入门的、基础的,对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了,想当初我第一次接触NCBI时,也是一头雾水,特别是我的英文实在不咋样好。

当然了,直到现在,虽说已经会了一些,但在NCBI查找基因,虽说是基础但也是挺复杂的一件事,仍然还是有很多东西要学,你找到了并不代表就完了,怎样更快更好的找到才是我今天要讲的。

今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)”来作为例子,物种是豆科的。

1,打开NCBI,选择核苷酸(Nucleotide)数据库,填上Phenylalanine ammonia-lyase,点击GO,搜索

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因_3

2,我们来看结果,总共有1022个,结果太多了,有时候刚好你要的结果在第一页的话,那就好办。不是的话,你慢慢的找,实在不是办法。特别是网络不好时,上NCBI又很慢,的确是一种折磨。

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因_4

3,这个时候我们可以再想办法缩少范围,比方你要找的是豆科的,我们来大豆(soybean)来作例子。在搜索时加上soybean,结果将会大大减少。

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因

4,这时候结果已经一目了然,这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确的。首先在taxonomy数据库查到soybean的 taxonomy ID,再回到Nucleotide数据库,搜索" Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 ",txid是taxonomy ID是缩写,3847是大豆soybean的taxonomy ID。这样子,将搜索范围锁定在大豆。

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因_8

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因_7

5,看下图,出来的结果都是大豆的,这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶序列

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因

6,进入序列页面,默认是GenBank格式,你也可以选择Fasta格式,一般都是保存为Fasta格式。

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因

结束,不一定是最佳方法,只不过是我用了NCBI以来的一些经验,希望对你有用。今天就这么多了,有什么问题和需要,请留言。

延伸阅读:

  1. NCBI查找基因序列:酵母菌的细胞色素C与异柠檬酸裂解酶

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9条评论 于 “图文讲解:知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?”

  1. bluesky Says:

    Thank you

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  2. 蝙蝠 Says:

    强人,受益颇多

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  3. 蒙蒙 Says:

    今天无意闯进来,真的是相见恨晚!除了感激就是佩服-五体投地的那种!!!谢谢~~~~~~ :qiang:

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  4. vegetking Says:

    在网上搜索时偶然发现您的系列博客,很多关于生物分析软件使用方面的,很详细,对我这个刚入门的新手,可是帮了大忙了!非常感谢柳城老师!

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  5. zzzlovesZzz Says:

    太感谢了,简直就是沙漠中的绿洲。才来就爱上这里了

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  6. JIAJIA Says:

    very wonderful!Thank you [强]

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  7. chd1999 Says:

    请问高人,按你说的方法我在taxonomy里搜human为什么没结果啊,新手一个。感谢

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    柳城 回复:

    怎么可能呢. 都不知你是怎么搜的.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/?term=human

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  8. ZQ Says:

    [ok] 有帮助,谢谢!

    [回复]

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