图文讲解：知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?∷柳城

图文讲解：知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?

Posted on 12 四月 2009 by 柳城，阅读 3,088

在NCBI上查找基因，挺多人都在问这个。当然，对于经常泡NCBI的人来说，查找基因是入门的、基础的，对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了，想当初我第一次接触NCBI时，也是一头雾水，特别是我的英文实在不咋样好。

当然了，直到现在，虽说已经会了一些，但在NCBI查找基因，虽说是基础但也是挺复杂的一件事，仍然还是有很多东西要学，你找到了并不代表就完了，怎样更快更好的找到才是我今天要讲的。

今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase，PAL)”来作为例子，物种是豆科的。

1，打开NCBI，选择核苷酸（Nucleotide）数据库，填上Phenylalanine ammonia-lyase，点击GO，搜索

2，我们来看结果，总共有1022个，结果太多了，有时候刚好你要的结果在第一页的话，那就好办。不是的话，你慢慢的找，实在不是办法。特别是网络不好时，上NCBI又很慢，的确是一种折磨。

3，这个时候我们可以再想办法缩少范围，比方你要找的是豆科的，我们来大豆（soybean）来作例子。在搜索时加上soybean，结果将会大大减少。

4，这时候结果已经一目了然，这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确的。首先在taxonomy数据库查到soybean的 taxonomy ID，再回到Nucleotide数据库，搜索" Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 "，txid是taxonomy ID是缩写，3847是大豆soybean的taxonomy ID。这样子，将搜索范围锁定在大豆。

5，看下图，出来的结果都是大豆的，这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列

6，进入序列页面，默认是GenBank格式，你也可以选择Fasta格式，一般都是保存为Fasta格式。

结束，不一定是最佳方法，只不过是我用了NCBI以来的一些经验，希望对你有用。今天就这么多了，有什么问题和需要，请留言。

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27条评论于 “图文讲解：知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?”

bluesky Says: 七月 11th, 2009 at 17:00
Thank you

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蝙蝠 Says: 八月 22nd, 2009 at 16:21
强人，受益颇多

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蒙蒙 Says: 十月 9th, 2009 at 21:18
今天无意闯进来，真的是相见恨晚！除了感激就是佩服-五体投地的那种！！！谢谢~~~~~~ :qiang:

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vegetking Says: 十一月 25th, 2009 at 11:13
在网上搜索时偶然发现您的系列博客，很多关于生物分析软件使用方面的，很详细，对我这个刚入门的新手，可是帮了大忙了！非常感谢柳城老师！

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zzzlovesZzz Says: 十一月 27th, 2009 at 14:47
太感谢了，简直就是沙漠中的绿洲。才来就爱上这里了

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JIAJIA Says: 十二月 17th, 2009 at 17:05
very wonderful!Thank you

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chd1999 Says: 三月 10th, 2010 at 09:58
请问高人，按你说的方法我在taxonomy里搜human为什么没结果啊，新手一个。感谢

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柳城回复: 三月 10th, 2010 at 11:32
怎么可能呢. 都不知你是怎么搜的.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/?term=human

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ZQ Says: 三月 12th, 2010 at 11:05
有帮助，谢谢！

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mmz Says: 三月 19th, 2010 at 10:30
您好！我要克隆一个基因全序列，但是NCBI上只有他的putative sequence，我该怎么做才好呢？

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柳城回复: 三月 19th, 2010 at 10:52
提交请到yunbio.com

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chixx Says: 三月 31st, 2010 at 20:33
按你说的方法我在taxonomy里搜human为什么没结果啊，
按你刚才的回复也打开网址也没有，新手，谢谢指教！

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柳城回复: 三月 31st, 2010 at 20:54
不会吧。Homo sapiens就是human啊。
以后有问题请到yunbio.com提问，这里不再解答。

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abigheart Says: 五月 10th, 2010 at 07:36
为什么我打开的网页不是这个啊？而且搜到的东西也和这个不一样

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柳城回复: 五月 10th, 2010 at 08:45
NCBI前段时间改版了。有啥好奇怪。

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abigheart Says: 五月 10th, 2010 at 09:59
奥，不好意思，又吃了没文化的亏了

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祛斑产品排行 Says: 六月 12th, 2010 at 17:47
又吃了没文化的亏了

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baolingbaby Says: 六月 12th, 2010 at 19:43
你好，刚刚接触NCBI ,查了一个有关胰岛素的基因序列，NT_009237，有3576个碱基，和我一个同学查的相差太远了，它才1431个碱基，我想请高手帮忙检测一下看看，还有怎么从基因序列中分出内含子和外显子呢？谢谢

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linzi Says: 六月 14th, 2010 at 23:50
楼主您好：请问我知道某个基因人的序列号及基因序列，怎么查找该基因的小鼠的序列啊？我做的是LINE-1基因，请您给我点建议好吗？可以邮件联系吗？谢谢

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柳城回复: 六月 15th, 2010 at 07:42
请到yunbio.com

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淘宝旗舰店 Says: 六月 26th, 2010 at 15:23
支持一下！

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aik17 Says: 九月 8th, 2010 at 16:21
受益匪浅。谢谢楼主。

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烟雨清漪 Says: 三月 23rd, 2011 at 22:20
太有才了！谢谢你为大家的帮助！

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PHD Says: 八月 20th, 2011 at 15:16
高人，在这里学到了很多，希望自己有一天超越楼主

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cc Says: 十月 5th, 2011 at 18:18
请问搜索的时候输入的是该物种的英文名还是拉丁文啊

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柳城回复: 十月 12th, 2011 at 16:35
都行，有时拉丁文更准确。

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shumei Says: 一月 9th, 2012 at 04:00
什么是mRNA linear ？谢谢

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