图文讲解:知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?


在NCBI上查找基因,挺多人都在问这个。当然,对于经常泡NCBI的人来说,查找基因是入门的、基础的,对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了,想当初我第一次接触NCBI时,也是一头雾水,特别是我的英文实在不咋样好。

当然了,直到现在,虽说已经会了一些,但在NCBI查找基因,虽说是基础但也是挺复杂的一件事,仍然还是有很多东西要学,你找到了并不代表就完了,怎样更快更好的找到才是我今天要讲的。

今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)”来作为例子,物种是豆科的。

1,打开NCBI,选择核苷酸(Nucleotide)数据库,填上Phenylalanine ammonia-lyase,点击GO,搜索

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因_3

2,我们来看结果,总共有1022个,结果太多了,有时候刚好你要的结果在第一页的话,那就好办。不是的话,你慢慢的找,实在不是办法。特别是网络不好时,上NCBI又很慢,的确是一种折磨。

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因_4

3,这个时候我们可以再想办法缩少范围,比方你要找的是豆科的,我们来大豆(soybean)来作例子。在搜索时加上soybean,结果将会大大减少。

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因

4,这时候结果已经一目了然,这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确的。首先在taxonomy数据库查到soybean的 taxonomy ID,再回到Nucleotide数据库,搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “,txid是taxonomy ID是缩写,3847是大豆soybean的taxonomy ID。这样子,将搜索范围锁定在大豆。

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5,看下图,出来的结果都是大豆的,这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因

6,进入序列页面,默认是GenBank格式,你也可以选择Fasta格式,一般都是保存为Fasta格式。

知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找找基因

结束,不一定是最佳方法,只不过是我用了NCBI以来的一些经验,希望对你有用。今天就这么多了,有什么问题和需要,请留言。


《 “图文讲解:知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?” 》 有 32 条评论

  1. 今天无意闯进来,真的是相见恨晚!除了感激就是佩服-五体投地的那种!!!谢谢~~~~~~ :qiang:

  2. 在网上搜索时偶然发现您的系列博客,很多关于生物分析软件使用方面的,很详细,对我这个刚入门的新手,可是帮了大忙了!非常感谢柳城老师!

  3. 太感谢了,简直就是沙漠中的绿洲。才来就爱上这里了

  4. 请问高人,按你说的方法我在taxonomy里搜human为什么没结果啊,新手一个。感谢

  5. 您好!我要克隆一个基因全序列,但是NCBI上只有他的putative sequence,我该怎么做才好呢? [疑问]

  6. 按你说的方法我在taxonomy里搜human为什么没结果啊,
    按你刚才的回复也打开网址也没有,新手,谢谢指教!

    • 不会吧。Homo sapiens就是human啊。
      以后有问题请到yunbio.com提问,这里不再解答。

  7. 为什么我打开的网页不是这个啊?而且搜到的东西也和这个不一样

  8. 你好,刚刚接触NCBI ,查了一个有关胰岛素的基因序列,NT_009237,有3576个碱基,和我一个同学查的相差太远了,它才1431个碱基,我想请高手帮忙检测一下看看,还有怎么从基因序列中分出内含子和外显子呢?谢谢

  9. 楼主您好:请问我知道某个基因人的序列号及基因序列,怎么查找该基因的小鼠的序列啊?我做的是LINE-1基因,请您给我点建议好吗? 可以邮件联系吗?谢谢

  10. 请问 搜索的时候 输入的是该物种的英文名 还是拉丁文啊

  11. 请问一下怎么用NCBI查找肠球菌(Enterecoccus faecalis )中α-L-鼠李糖苷酶(α-L-rhamnosidase )的目的基因片段啊,谢谢啊