《本地blast的详细用法》的评论 http://liucheng.name/39/ _SEO|摄影|WordPress|博客 Wed, 16 May 2012 07:04:15 +0000 hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.2 作者：如何更新nr数据库 http://liucheng.name/39/#comment-56451 如何更新nr数据库 Tue, 21 Feb 2012 11:40:35 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-56451 版主，你好！本地化blast和NCBI的nr数据库后，想更新nr数据库有什么好招？当然不是从先下载好几十GB的新nr数据。 版主，你好！本地化blast和NCBI的nr数据库后，想更新nr数据库有什么好招？当然不是从先下载好几十GB的新nr数据。

]]> 作者：青争 http://liucheng.name/39/#comment-21170 青争 Mon, 15 Nov 2010 12:54:53 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-21170 博主，你好。 我运行blastall后，out.txt文件里出现了以下结果。 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= FL13 (165 letters) 比对的内容没有，这是什么问题呢？？ 博主，你好。

我运行blastall后，out.txt文件里出现了以下结果。
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= FL13
(165 letters)
比对的内容没有，这是什么问题呢？？

]]> 作者：ttshusheng http://liucheng.name/39/#comment-20344 ttshusheng Sun, 24 Oct 2010 07:57:25 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-20344 我的QQ是465977302，不知你方便不？ 我的QQ是465977302，不知你方便不？

]]> 作者：柳城 http://liucheng.name/39/#comment-20186 柳城 Wed, 20 Oct 2010 05:45:26 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-20186 请到yunbio.com提问哦 请到yunbio.com提问哦

]]> 作者：lisayc http://liucheng.name/39/#comment-20185 lisayc Wed, 20 Oct 2010 05:39:35 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-20185 楼主，您好，我想问您几个问题，我现在希望能通过程序调用psi-Blast,具体就是我输入一个蛋白质序列，通过psi-Blast分析得到一个分析后的结果，即profile。 请问您知道如何通过程序实现这些吗？或者指点一下方向？ 万分感谢 楼主，您好，我想问您几个问题，我现在希望能通过程序调用psi-Blast,具体就是我输入一个蛋白质序列，通过psi-Blast分析得到一个分析后的结果，即profile。
请问您知道如何通过程序实现这些吗？或者指点一下方向？
万分感谢

]]> 作者：柳城 http://liucheng.name/39/#comment-19949 柳城 Thu, 14 Oct 2010 10:28:52 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-19949 请到yunbio.com提问 请到yunbio.com提问

]]> 作者：frank http://liucheng.name/39/#comment-19846 frank Tue, 12 Oct 2010 12:20:30 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-19846 我知道ftp有个每月新增的核酸序列文件month.nt,可是下载到的month.nt必须与之前的本地数据库整合到一起，成为一个新的本地数据库，才能进行blast吧。怎样整合呢？另外，这个month.nt是非冗余的吗？会不会与之前的数据库有冲突？我的方向是环境微生物，ftp中的哪个database是我应该下载的呢？ 不好意思，一次问这么多问题，刚开始接触，不懂得比较多[呲牙]，要向牛人多多请教 我知道ftp有个每月新增的核酸序列文件month.nt,可是下载到的month.nt必须与之前的本地数据库整合到一起，成为一个新的本地数据库，才能进行blast吧。怎样整合呢？另外，这个month.nt是非冗余的吗？会不会与之前的数据库有冲突？我的方向是环境微生物，ftp中的哪个database是我应该下载的呢？ 不好意思，一次问这么多问题，刚开始接触，不懂得比较多[呲牙]，要向牛人多多请教

]]> 作者：柳城 http://liucheng.name/39/#comment-19842 柳城 Tue, 12 Oct 2010 08:38:16 +0000 http://www.liucheng.name/?p=39#comment-19842 可到yunbio.com提问。 如果可以的话，最好是下载只增加的部分吧。。 可到yunbio.com提问。
如果可以的话，最好是下载只增加的部分吧。。

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