MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR)，EST序列或是基因组序列都可以。另外，还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具，通过这个工具，可以把MISA识别出来的SSR，转为Primer3需要的格式，从而方便批量设计引物。
网址：http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/
注：要运行MISA，首先要确保已经装了Perl
下面分别介绍一下几个工具(.pl是perl文件的后缀名)：
1，misa.pl
用法：perl misa.pl <FastaFile> (注:<>要去掉。下同)
FastaFile是放序列的一个文件名，全路径，注意不要有中文名或空格。Fasta格式。
另外配套一起的还有一个文件misa.ini，这是一个配置文件，设置识别SSR标记的标准。注意路径。路径错了就会提示错误，找不到该文件。
2，est_trimmer.pl
这是对EST序列而言的，可以去除EST序列中短的序列和两端不明确的碱基。
用法（例子）：perl est_trimmer.pl ESTs -amb=2,50 -tr5=T,5,50 -tr3=A,5,50 -cut=100,700
3，Primer3 的接口工具
p3_in.pl - 创建 Primer3的输入文件。
用法：perl p3_in.pl <FASTAfile.misa>
p3_out.pl - 解析Primer3设计引物后的输出文件。
用法：p3_out.pl <FASTAfile.p3out> <FASTAfile.misa>
注：FASTAfile.misa文件是MISA的输出文件
FASTAfile.p3out是primer3的输出文件
大概就是这些，很不错的软件。具体问题具体分析，一些细节问题这里就不讲了。需要的话就琢磨琢磨。
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想询问MISA开发SSR引物的一些问题，非常感谢你的帮忙，谢谢！
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请到yunbio.com
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我的QQ:19077832,谢谢
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您好！我想请教一下使用MISA和PRIMER3对EST序列设计SSR引物必须经过est_trimmer.pl进行序列处理？这个处理的必要性有多大呢？谢谢！![[呲牙]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_cy.gif)
Dennis
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根据需要而定。
大部分情况下可能不大需要
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谢谢您的及时回复！我都试试然后对比一下看看！
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您好，我刚学这个，不是很清楚，请问是否可以发一个有更详细步骤的帖子？从您这学到很多东西，非常感谢您。
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您好！EST序列或是基因组序列都可以设计SSR,这里的基因组序列指的是什么？是包括内含子的基因序列吗？我这现在有基因组测序得到的基因（是通过基因预测软件得到的基因），其中有些基因表达谱数据支持。请问我应该用含有内含子的基因还是用去掉内含子的基因来找SSR呢？这样找到的叫基因组SSR还是叫EST-SSR呢？基因组SSR是不是得包含内含子的基因啊？谢谢了![[抱拳]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_bq.gif)
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基因组序列肯定是包含内含子等等的了。 EST是没有内含子的了。。
哪个好。。我也不是太清楚。。
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运行MISA时，出现“specifications file doesn't exist”
，将fasta文件放在bin目录下后，问题依然存在，问题可能出在什么地方，急求，谢谢。
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misa.ini的路径不正确。。
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恩，请问misa.ini路径应该怎么修改，我把misa.ini、misa.pl以及fasta文件均放在c:\perl里面，路径应该就一致了，可是还是出现这个问题。
在misa.pl中调用配置文件的语法如下：
open (SPECS,"misa.ini") || die ("\nError: Specifications doesn't exist !\n\n");
my %typrep;
my $amb = 0;
while ()
{
%typrep = $1 =~ /(\d+)/gi if (/^def\S*\s+(.*)/i);
if (/^int\S*\s+(\d+)/i) {$amb = $1}
};
my @typ = sort { $a $b } keys %typrep;
，是不是要从这里更改路径，如果是，如何更改？ 非常感谢！本人没有接触过这方面的语法。
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在线求解~~
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你的弄好了吗？
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弄好了。
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你好，我刚接触这个东西，在运行时我把misa.pl和misapl和fasta文件都在一起了，在执行的时候出现了这个错误，use of uninitialized value $total in concatenation(.) or string at D:\misa.pl line 224, chunk 3.意思大概说total这个变量没有初始化于是我就把程序里面$total=undef 这一行放在前面用到total变量的所有语句的前面并修改为$total=""给初始化了，之后程序倒是没提示错误了，但是输出文件里面什么都没有，并没有找到ssr。请问大侠们该怎么办，你们都是下载下来直接执行就没错误吗？折腾了一天了头疼大家帮帮忙小弟感激不尽
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你的问题就是提交的序列里面确实没有SSR，你手工加一个重复序列试一下就好了
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