BLAST一种是在线的(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)，一种是本地的(Local BLAST，单机版BLAST，Standalone BLAST)。
对于少量的序列，如果要在跟整个（或者某一物种）核酸或者蛋白库比对，一般采用在线BLAST，简单易用，直观，容易被人接受其；对于大量序列，或者是目前不方便公开的数据库，或者是自定义的数据库，一般采用本地BLAST，其效率高，能满足用户更多的要求，但操作相对有点繁琐；
在线blast的说明看这里：NCBI在线Blast的图文说明
blast软件下载看这里： 最新版本地blast下载
构建本地Blast首先要准备什么：
- 下载blast软件
- 构建本地的blast数据库
- 学习blast的常用参数与命令
如何构建本地的blast数据库：
假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：
核酸序列：
$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F
蛋白序列：
$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F
执行blast:
获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），那么就可以开始执行Blast分析了。
单机版的Blast程序包，把基本的blast分析，包括blastn，blastp，blastx等都整合到了blastall一个程序里面。
以下是一个典型的blastn分析命令：
(待分析序列seq.fa，数据库nt_db)
$./blastall –p blastn –i seq.fa -d nt_db –w 7 –e 10 –o seq.blastn.out
（该命令的意思是，对seq.fa文件中的核酸序列对nt_db数据库执行blastn搜索，窗口大小是7，e值限制是10，输出的结果保存到文件seq.blastn.out 中）。
Blastall的常用参数：
-p 程序名应该是blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx中的一个
-d 数据库名称，默认nr
-i 查询序列文件，默认stdin
-e E值限制，默认10
-o 结果输出文件，默认stdout
-F 过滤选项，默认T
-a 选择进行运算的CPU个数
详细blast参数请看：本地blast的详细用法
《 “如何构建本地Blast？” 》 有 9 条评论
我是新手,想问个问题,在构建本地的blast数据库的时候,要转化格式的序列文件非常多,要怎么写命令呢?用formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F不是很麻烦吗?
谢谢~
为什么会有那么文件啊.. 合并在一起当作一个blast库就行了啊
那是怎么合并呢?
比如我想比对人的序列,如果去网上下的话,每个染色体都有一个文件.加起来也有24个了..
只是比如..
自己去找找合并文件的工具呗。在win下就是麻烦. 在linux下的话，cat命令就能搞定。
哦..知道了..bioEdit就可以. :ok:
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