Blast一种是在线的(http://blast.NCBI.nlm.nih.gov/Blast.cgi)，一种是本地的(Local BLAST，单机版BLAST，Standalone BLAST)。
对于少量的序列，如果要在跟整个（或者某一物种）核酸或者蛋白库比对，一般采用在线BLAST，简单易用，直观，容易被人接受其；对于大量序列，或者是目前不方便公开的数据库，或者是自定义的数据库，一般采用本地BLAST，其效率高，能满足用户更多的要求，但操作相对有点繁琐；

在线blast的说明看这里：NCBI在线Blast的图文说明

blast软件下载看这里：   最新版本地blast下载

构建本地Blast首先要准备什么：

1. 下载blast软件
2. 构建本地的blast数据库
3. 学习blast的常用参数与命令

如何构建本地的blast数据库：
假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：

核酸序列：

$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F

蛋白序列：

$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F

执行blast:

获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），那么就可以开始执行Blast分析了。

单机版的Blast程序包，把基本的blast分析，包括blastn，blastp，blastx等都整合到了blastall一个程序里面。

以下是一个典型的blastn分析命令：
(待分析序列seq.fa，数据库nt_db)

$./blastall –p blastn –i seq.fa  -d nt_db –w 7 –e 10 –o seq.blastn.out

（该命令的意思是，对seq.fa文件中的核酸序列对nt_db数据库执行blastn搜索，窗口大小是7，e值限制是10，输出的结果保存到文件seq.blastn.out 中）。

Blastall的常用参数：

-p 程序名应该是blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx中的一个
-d 数据库名称，默认nr
-i 查询序列文件，默认stdin
-e E值限制，默认10
-o 结果输出文件，默认stdout
-F 过滤选项，默认T
-a 选择进行运算的CPU个数

详细blast参数请看：本地blast的详细用法

延伸阅读：

1. 构建Web页面的Blast(windows/linux)
2. Bioperl:使用和解析 BLAST
3. 如何批量Blast
4. BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别
5. blast formatdb 介绍