phylip软件包建进化树

1. 打开ClustalX软件(对序列进行比对),点击“文件”→“载入序列”;点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾;点击“比对” →“完全比对”;比对完成后,关闭程序,并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。

2. 打开seqboot软件,按照路径输入所拷贝的“.phy”文件,回车

3. 输入“r”,回车→输入1000,回车→输入“y”,回车→输入“5”,回车→出现“press enter to quit”字样时,回车,退出程序,完成seqboot(上图中的J选项代表评估方法,默认为bootstrap法进行评估,可更改选项;R选项默认多少次,输入1000表示共进行1000次的republicate)。自动生成文件“outfile”,可用记事本打开。

4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1,打开dnadist软件(采用邻位相连算法构建进化树,如采用其他算法,则用其他软件),按照路径输入文件名infile1,回车

5. 输入t,回车→输入20,回车→输入m,回车→输入d,回车→输入1000,回车→输入y,回车→等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等,直到出现“press enter to quit”字样时,回车,退出程序(D选项为距离模式,默认为F84;T选项为点突变的“转换/颠换比率”,通常在15~30之间;M选项采用和原来一样的重复数;输入d,采用data sets)。自动生成文件outfile。

6. 将outfile重命名为infile2,打开neighnor软件(采用邻位算法),按照路径输入infile2,回车

7. 输入选项m,回车→输入1000,回车→输入奇数5,回车→输入y,回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时,回车,退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告,可用记事本打开,outtree可用treeview打开。

8. 将outfile更名为outfile1,outtree文件更名为intree1,打开consense软件,按照路径输入intree1,回车

9. 输入y,回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时,回车,退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果,可用treeview软件打开观看。

5 回复
  1. 小陶 says:

    为什么我在用dnadist.exe时,总是错误:
    error:bad base:L at site 5 of species 1
    望指教

  2. 小胡 says:

    你是不是比较的蛋白序列,用protdist试试,我也犯过这种错误!我当时比较的蛋白序列,用dnadist也是出现你说的错误,搞了好几次,才发现用错程序了!

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