ClustalX做多序列比对分析图示

1、打开程序

如下图所示:

用ClustalX做多序列比对分析图示

2、Load Sequnce, 载入序列

如下图所示:

ClustalX做多序列比对 

3、选择序列文件,FASTA格式的

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

5、序列Load进去之后

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln的是序列比对结果,它们都是纯文本文件

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。。。

8、比对结束之后,我们可以看到这个结果

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega做进一步的bootstrap进化树分析

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

10、这是.dnd文件(指导树)

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子

如下图所示:

ClustalX做多序列比对分析图示

 

其它说明:ClustalX常见问题说明

10 回复
  1. 蒙蒙 says:

    我导入的文件的路径没问题,是直接从NCBI上下载以fasta格式保存到桌面上的。为什么总是不能load sequences ,而是出现“cannot open file!”请问怎样才能做到格式正确(能详细说明吗?)?谢谢!

    Lc. 回复:

    放在桌面就是不行的阿.看http://liucheng.name/411/ :)

  2. 序列比对 says:

    请问博主,cluster比对完的结果还用手动剪辑吗?还是直接可以输进mega做树形图?非常感谢

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