精选资料:2009 H1N1流感病毒序列

柳城博客:本文翻译自NCBI News, May 2009)2009年全球H1N1流感突然爆发,NCBI作为流感病毒序列的储存库,一直为加快序列的发布作出最大的努力。现在,你可以取到最新的H1N1流感病毒的序列,并且在一个专门为H1N1流感病毒设计的页面中找到最新的信息。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu.html

使用流感病毒数据库的查询界面下载Fasta格式的序列

通过流感病毒数据库的查询界面可以非常简单的拿到这些序列:
www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/Database/select.cgi
在这个页面,你可以选择和检索感兴趣的流感病毒序列,或是执行一些附加的功能,例如多序列比对和进化树构建。

精选资料:2009 H1N1流感病毒序列

下面以检索最新的H1N1核酸序列为例,在”show”这一行选择” nucleotide sequence”,选择species为”Influenzavirus A”,Host一栏选”Human”, Country/Region选择”any”,时间设置为“2009/04:2009/05”, Subtype里填”H1N1”, 在Segment/Protein一栏选”any”,或是选择你所需要的片段或蛋白。设置如上面的图片所示。最后点击”Get Sequences”按钮显示所匹配的序列结果。 下图所示的检索结果为304,检索的时间为2009-05-07。

把需要下载的序列在前面打上勾,选择你需要下载的Fasta序列是”nucleotide”,如下图所示。然后就会出现一个下载的对话框,可以把序列下载到本地电脑。

精选资料:2009 H1N1流感病毒序列

Entrez批量工具下载序列的Genbank格式和其它的格式

用Entrez批量工具可以下载任何你所需要的格式(GenBank, XML, or ASN.1)。首先你需要一份流感病毒的序列Accession列表。可以通过上面所提到的方法,看图中“Select accession list to download”这一下拉框,可以把你所需要的Accession下载下来。下面就是Entrez批量工具的页面:
www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

首先选择这个包含Accession列表的文件,然后点击“Retrieve”就可以得到搜索的结果了。在出来的结果页面,“Display”下拉框选择你所需要的格式,“Send to”下拉框选择“Send to file”,这样就可以批量下载你所需要的序列格式了。(柳城博客注:也可以用中文Entrez工具来搜索序列,看http://www.liucheng.name/entrez/

Obtaining the eight diagnostic records

World Health Organization has identified the eight segments of the earliest H1N1 isolate from California as diagnostic sequences for the new influenza virus strain.

www.who.int/csr/disease/swineflu/swineflu_genesequences_20090425.pdf

这几个序列就相当于在Genbank数据库的FJ966079-FJ966086,你可以通过Entrez搜索
www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=nuccore

搜索的关键词:FJ966079:FJ966086[Accession]
或是通过下面的链接:
http://www.liucheng.name/entrez/entrez.php?acc=FJ966079%2CFJ966080%2CFJ966081%2CFJ966082%2CFJ966083%2CFJ966084%2CFJ966085%2CFJ966086&db=nucleotide&format=fasta&start=Submit

流感病毒的序列基本上是天天在更新的,你可以通过上面所提示的网址查看最新的数据与新闻。

~完~

原文检索:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=newsncbi&part=JEKOtU220.bid.1

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