COBALT是一个蛋白的多序列比对工具，也用到RPS-Blast, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具，并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章”  COBALT：NCBI在线蛋白多序列比对（比ClustalW还强大的工具） ”。

这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对，在Linux系统的配置步骤如下：

1．登陆Ftp：ftp://ftp.NCBI.nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/，下载cobalt里的所有文件

ncftp /pub/agarwala/cobalt > ls
cdd.aux   cdd.freq   cdd.phr  cdd.psd   cdd.psq    cobalt.linux     README
cdd.blocks  cdd.loo  dd.pin   cdd.psi  cdd.rps     patterns     README.cobalt

2．设置全局变量：setenv COBALT ，这里不设置也是可以的。下面直接用全路径就是

3．准备你所要比对的蛋白序列（Fasta格式）

4．运行的代码如下（$COBALT也可以用全路径代替）：

       $COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \
       -b $COBALT/cdd.blocks -i  \
       -p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq

5．输出的结果是Fasta格式。

查看详细说明，用

$COBALT/cobalt.linux –help

更详细的说明文档看cobalt文件夹里的README.cobalt。