如何用COBALT构建本地的多序列比对(Linux系统)

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具,也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章”  COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具) ”。

这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对,在Linux系统的配置步骤如下:

1.登陆Ftp:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/,下载cobalt里的所有文件

ncftp /pub/agarwala/cobalt > ls
cdd.aux   cdd.freq   cdd.phr  cdd.psd   cdd.psq    cobalt.linux     README
cdd.blocks  cdd.loo  dd.pin   cdd.psi  cdd.rps     patterns     README.cobalt

2.设置全局变量:setenv COBALT ,这里不设置也是可以的。下面直接用全路径就是

3.准备你所要比对的蛋白序列(Fasta格式)

4.运行的代码如下($COBALT也可以用全路径代替):

       $COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \
       -b $COBALT/cdd.blocks -i  \
       -p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq

5.输出的结果是Fasta格式。

查看详细说明,用

$COBALT/cobalt.linux –help

 

更详细的说明文档看cobalt文件夹里的README.cobalt。

2 回复
  1. zls111 says:

    cobalt.Linux在linux系统下显示的不是可执行文件,貌似又没有地方能编译的?

引用通告 & 通告

  1. […] 另一篇预告:如何用COBALT构建本地的多序列比对(Linux系统) […]

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