MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
打开软件
选择Alignment ---- Alignment Explorer/CLUSTAL，出现一个对话框：
根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Create a new alignment”，出现：
根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择，在此我选择“Yes”，出现：
Date --- Open --- Retrieve Sequences from File ，选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]，如下图：
选择之后，得到：
双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X版本无法识别原FASTA文件名的，在这里就可以修改了，就像我用汉化版的Clustal X 1.81不可以识别某些序列文件名) ，修改后如下：
右键菜单点击删除Clustal X中附带的“※”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”，以便下次再用。然后再补充一下，此软件整合了Clustal X程序，菜单Alignment中选择“Align by ClustalX”即可。选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框：
选择默认设置，点击OK就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程：
等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：
选择Yes，出现：
输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现:
当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：
选择主界面中的Phylogeny菜单，Bootstrap Test of Phylogeny --- Neighbor-joining…
Bootstrap选择1000次重复，模型选择核酸---p-distance。Compute后，得出系统结构树，如下：
替换成辐射图：
BY kousyouki
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里面稍微有个地方介绍的不是很清楚，就是：等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：其实点击data下的一个发育分析的选项久可以到软件选项变化的那一步了
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怎么显示每个树枝上的数字呢？
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应该是用NJ方法构建的树就有数字。好久前用过的软件了。不是太记得了..
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学习学习![[强]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_qiang.gif)
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请问，我将测的的序列和在NCBI上查的与测得序列相似的序列在CLUSTAL W比对后，由于各序列长短不一，需要进行掐头去尾，请问掐头去尾应遵循什么原则呢，怎么掐呢，是不是要所有序列掐来长短完全一样呢？
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太技术了 ， 我啥时间能看得懂呢，我现在搞个标签 半天都搞不定
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请问分支处的数字和标尺各代表什么意思啊 不胜感激!
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谢谢！非常需要。感谢分享！其实你的很多帖子我都看过，对于在这个领域的新手我来说，真是受益匪浅！再次感谢，不懂再问，谢过先～![[可爱]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_ka.gif)
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收藏了~~太酷了
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看得头有点晕
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支持一下 顶一个！![[偷笑]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_tx.gif)
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收藏了~~太高升了!
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双击文件名在哪啊
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请问“选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]"这个文件怎么做啊？
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先去了解clustal这个软件，clustalW和clustalX
有问题请到yunbio.com
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谢谢！
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按步骤来，进行到“输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现:”后，出现Error#4526:Invalid base found:9(in line 8)，不知道怎么解决啊？求助楼主解答，急！不甚感激！
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xiexie ,![[强]](http://liucheng.name/wp-includes/images/smilies/icon_qiang.gif)
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我想在mega4运行核酸序列后看到序列相似性百分比，请指教如何看到？谢谢
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zhangtutu Says:
我想在mega4运行核酸序列后看到序列相似性百分比，请指教如何看到？
我也想知道这个问题，请教高手，多谢
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可到yunbio.com提问~
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讲得很细致，可是我最后一步为什么不出图呢？倒数第二步也是按照上边讲的设置的，我下载的是MAGE5.0，非常感谢！
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your explanation is useless.
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请问可以在MEGA里把核酸转化为氨基酸吗？因为有非编码区，是不是转化的氨基酸不正确？那怎样转化呢？请教
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非常感谢
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