生物信息学作业(二):核酸及蛋白质序列的比对

一、 实验内容

利用检索出的蛋白质和核酸序列进行序列比对并进行分子进化树分析。

二、 作业

1、绘制分子进化树,并标明各个物种phyA蛋白之间的序列相似性。

2、根据你所学生物分类的知识,试解释该分子进化树的合理性。

答:以上各植物都属被子植物门。sorghum propinquum(高粱),zea mays(玉米),oat(燕麦)三种植物都是禾本科单子叶,但sorghum propinquum(高粱),zea mays(玉米)都是C4植物,而oat(燕麦)是C3植物。potato(马铃薯)管花目茄科茄属植物和arabidopsis thaliana(拟南芥)是白花菜目十字花科植物拟南芥属;cyrtosia septentrionalis(血红肉果兰)属于兰科植物肉果兰属。

3、找出一条可能的保守序列(多条蛋白共同的氨基酸序列)。

答:最长的保守序列:GLHYPATDIPQAARFLFMKNKVRMI

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