三种分析蛋白结构域(Domains)的方法


1,SMART入门,蛋白结构和功能分析

详细: http://www.liucheng.name/?p=738

2,Sanger的Pfam数据库

网址:http://pfam.sanger.ac.uk/

目前的版本:Pfam 23.0 (July 2008, 10340 families)

The Pfam database is a large collection of protein families, each represented by multiple sequence alignments and hidden Markov models (HMMs).

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

 

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

3,NCBI的CDD(Conserved Domain Database)数据库

网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

Proteins often contain several modules or domains, each with a distinct evolutionary origin and function. NCBI’s Conserved Domain Database is a collection of multiple sequence alignments for ancient domains and full-length proteins.

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

最后,自己试验一下。上面两个图的结果的数据是用了NP_776850的蛋白序列。你也可以拿这个序列来运行一下看看。


3条回应:“三种分析蛋白结构域(Domains)的方法”

      • 我在Pfam搜索全基因组,得到符合蛋白质的氨基酸序列含有—-,这个怎么回事?那这样我就查不了他们的结构域了