准备1：Linux，下载Blast。看最新版的blast下载，找到适合你的版本。假设安装在/usr/NCBI/blast/

准备2：php环境，运行一个例子看看。如果一切胜利。正常情况下，一般需要在你用户名（如zhenglc）下建个文件夹public_html，里面随便放个页面。内容可以是：

文件名：phpinfo.php

<? echo phpinfo(); ?>

注意权限。你可以用chmod命令来改变文件或文件夹的权限。

chmod 777 zhenglc

chmod 777 public_html

chmod 777 phpinfo.php

有了权限后才可以运行。又假设你全部配置好了。例如该Linux的IP是192.168.1.1

http://192.168.1.1/~zhenglc/phpinfo.php

地址类似这样。如果一切顺利。当然会有内容。失败的话就重头再检查一遍。成功后接下来就比较简单。无非就是写个界面，然后调用blast就是。

例如：一个简单的界面index.php

<strong>1. To Blast Test DB Information(Enter FASTA sequence):</strong>
<form action="./blastall.php" enctype="application/x-www-form-urlencoded" method="post">//注意这里
Select
<select name="data" size="1"> <option selected="selected" value="test_na_db">Test na db(nt)</option>//这里是blastdb的名称。自行更换 <option value="test_aa_db">test_aa_db(protein)</option>//这里是blastdb的名称。自行更换</select>

Select
<select name="blast" size="1"> <option selected="selected" value="blastn">blastn</option> <option value="blastp">blastp</option></select>
<select name="bv" size="1"> <option selected="selected" value="3">3</option> <option value="4">4</option> <option value="5">5</option> <option value="8">8</option> <option value="10">10</option></select>

<textarea style="width: 550px; height: 100px;" cols="66" rows="6" name="sequence"></textarea>
<input name="B1" type="submit" value="Blast" />
<input name="B2" type="reset" value="Reset" />
</form>

触发Form之后，提交到blastall.php

< ?php
$sequence=$_POST[sequence];
$blast=$_POST[blast];
$bv=$_POST[bv];
$data=$_POST[data];
$filename=md5 (uniqid (rand()));
//随机产生一个文件名
$file=fopen("/tmp/$filename.seq","w+");
//把提交的序列保存在这里
fwrite($file,$sequence,strlen($sequence));
fclose($file);
system("/usr/ncbi/blast/blastall -i /tmp/$filename.seq
    -p $blast -d /ext2/zhenglc/blastdb/$data -b $bv -v $bv -F F");
//这里运行blast。用system调用linux命行。 exit; } ?>

是比较简单的。具体一些路径自行更换。参数也是。

另外，你也可以直接下载wwwblast，直接下载后解压就能用了。

另外如果是在windows环境，如XP下的。注意路径。

相应的地方改为：

$file=fopen("C:/blast/$filename.seq","w+");

$blastresult=passthru("C:/blast/bin/blastall.exe -i

    C:/blast/$filename.seq -p $blast -d C:/blast/db/$db -b $bv -v $bv -F F"); 

//Linux下用system函数，windows下运行用passthru函数。

print $blastresult;

~完~!

延伸阅读：

1. blast formatdb 介绍
2. 如何构建本地Blast？
3. Bioperl:使用和解析 BLAST
4. MEGA4的中文使用说明
5. Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍