Blast 2 Sequences，在很早前NCBI就有提供这种工具的了。最近在2008年底又重新改版了，改版后的功能更加强大。有许多非常实用，但你可能不是太清楚的功能。这里大概提一下，具体的详细用法，还是要靠你自己慢慢摸索。
功能介绍：
- 1，两个序列之间的比对（BLAST 2 Sequences），这是最初的功能
- 2，BLAST 多个序列。
- 3，BLAST 2 Sequences时，还能用点矩阵图（Dot Matrix）查看
- 4，BLAST 多个序列时，还能进一步做进化树分析。
BLAST主页：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
现在在任何一个Blast界面都可以直接切换到BLAST 2 Sequences，只要把Align two or more sequences的选项勾上就可以了。看下图。
1，2个序列的比对
下图是NP_000680.2和NP_004170.1的2个序列比对。结果看Dot Matrix View。但这两个序列有匹配到时，在图中用线条表示。标示各自起始和终止的位置，匹配的长度中。就在图中一目了然。如下图，仅有两个小片段blast上。
2，多个序列的比对
看第一张图，可以直接输入多个Accession Number，或是直接输入多个FASTA格式的序列。或是用本地的文件上传也行。有时需要对一个未知的序列在一些目标序列里作一些比较。这个方法很有用。
如下图，用人苯丙氨酸羟化酶(NP_000680)与其它不同物种的羟化酶进行多个BLAST，最后看它们的进化树。详细如下：
human phenylalanine hydroxylase (accession NP_000680) with a set of 34 other vertebrate aromatic amino acid hydroxylases. The portion shown here contains the tryptophan hydroxlase 1 homologs from human (Homo sapiens), NP_004170; rabbit (Oryctolagus cuniculus), NP_001093425 and NP_001075741; mouse (Mus musculus), NP_033440; rat (Rattus norvegicus), NP_001094104; chicken (Gallus gallus), NP_990287; Xenopus laevis, NP_001080923; zebrafish (Danio rerio), NP_001001843 and NP_840091; and pufferfish (Takifugu rubripes), NP_001027848.
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又是专业性的~~看不懂~~只管踩~~
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呵呵。都不够你博客人气旺啊。
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你好，请教那么多个序列比对呢，如5000个蛋白质和1000个蛋白质值来比较，怎么速度可以加快。
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噢。这个问题才看到。真是不好意思了~
要找好的机器吧。多CPU的。没试过这么多的。估计很困难。 :gg:
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请教：我用你的例子做，怎么树的图形不一样啊？
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请教一下，我跟上面的同学一样，用这些例子做出来的树也不是这个样子呢，为什么会这样呢
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那个图是NCBI给出来的。不一样就是你们的问题了。呵呵。
可能只是参数不一样而已了。
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如何用BLAST去搜索 水稻AK106814蛋白序列
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您好，我想问一下，氨基酸比对结果中的：和.代表次保守和次次保守吗，如果是的话次保守和次保守具体什么意思呢？谢谢
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我也觉得是这样。具体什么意思嘛就没去想过。可到yunbio.com问问
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写得太专业了，搞不清楚
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