Blast 2 Sequences，在很早前NCBI就有提供这种工具的了。最近在2008年底又重新改版了，改版后的功能更加强大。有许多非常实用，但你可能不是太清楚的功能。这里大概提一下，具体的详细用法，还是要靠你自己慢慢摸索。

功能介绍：

• 1，两个序列之间的比对（BLAST 2 Sequences），这是最初的功能
• 2，BLAST 多个序列。
• 3，BLAST 2 Sequences时，还能用点矩阵图（Dot Matrix）查看
• 4，BLAST 多个序列时，还能进一步做进化树分析。

BLAST主页：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

现在在任何一个Blast界面都可以直接切换到BLAST 2 Sequences，只要把Align two or more sequences的选项勾上就可以了。看下图。

1，2个序列的比对

下图是NP_000680.2和NP_004170.1的2个序列比对。结果看Dot Matrix View。但这两个序列有匹配到时，在图中用线条表示。标示各自起始和终止的位置，匹配的长度中。就在图中一目了然。如下图，仅有两个小片段blast上。

2，多个序列的比对

看第一张图，可以直接输入多个Accession Number，或是直接输入多个FASTA格式的序列。或是用本地的文件上传也行。有时需要对一个未知的序列在一些目标序列里作一些比较。这个方法很有用。

如下图，用人苯丙氨酸羟化酶(NP_000680)与其它不同物种的羟化酶进行多个BLAST，最后看它们的进化树。详细如下：

human phenylalanine hydroxylase (accession NP_000680) with a set of 34 other vertebrate aromatic amino acid hydroxylases. The portion shown here contains the tryptophan hydroxlase 1 homologs from human (Homo sapiens), NP_004170; rabbit (Oryctolagus cuniculus), NP_001093425 and NP_001075741; mouse (Mus musculus), NP_033440; rat (Rattus norvegicus), NP_001094104; chicken (Gallus gallus), NP_990287; Xenopus laevis, NP_001080923; zebrafish (Danio rerio), NP_001001843 and NP_840091; and pufferfish (Takifugu rubripes), NP_001027848.

延伸阅读：

1. Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍
2. Bioperl:使用和解析 BLAST
3. BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具
4. blast formatdb 介绍
5. 用BioPerl解析blast的代码