关于mIgG1 Fc段与Gitr的基因序列

NCBI搜索基因序列的实例分析之:关于mIgG1 Fc段与Gitr的基因序列

来看问题~

1,mIgG1 Fc段的基因序列是什么?怎么搜?

2,关于鼠的IgG1 Fc的CDS在NCBI上还是没找到(可能是不太会用),还有想知道鼠的GITR胞外段序列该怎么找?

分析问题:

问题太过简单。只有关键词mIgG1、Fc、GITR、基因、序列。不知道的人完全搞不明白,因为像mIgG1、Fc、GITR这些关键词所匹配的基因太多了。

如加一些描述性的信息,Fc与GITR基因,全称是什么。功能啊之类的。要找什么物种的基因啊。

解答问题~

1,关于mIgG1 Fc段的基因序列

第一次用mIgG1在NCBI的全数据库搜索。

结果:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery?term=mIgG1,找到个Mus musculus (house mouse)的蛋白序列ABJ9771。不一定就是所要的结果。

再用Fc关键词在NCBI的Gene数据库搜索(如要搜索小鼠,用关键词Fc mouse 或Fc 10090)。结果很多,一个个的看下去后,终于找到Name: Fc fragment of IgG binding protein [Mus musculus],基本上可以确定就是要找的mIgG1 Fc段的基因序列。

 小鼠mIgG1 Fc段的基因描述

Description:Fcgbp Fc fragment of IgG binding protein [ Mus musculus ]

 Official Symbol:   Fcgbp

Official Full Name:   Fc fragment of IgG binding protein

GeneID:215384

小鼠mIgG1 Fc段相关的基因有(NM_开头是指NCBI的参考序列RefSeq):

GeneID  Nucleotide      Protein
215384  -       A0A5F3 
215384  AJ011416.1      CAA09618.1     
215384  AK040441.1      -      
215384  AK077773.1      BAC37001.1     
215384  BC024494.1      AAH24494.1     
215384  BC024520.1      AAH24520.1     
215384  BC024554.1      AAH24554.1     
215384  BC026653.1      AAH26653.1     
215384  BC029250.1      -      
215384  BC030871.1      AAH30871.1     
215384  BC036158.1      -      
215384  BC036159.1      -      
215384  BC039286.1      -      
215384  BC048952.1      -      
215384  BC055475.1      AAH55475.1     
215384  BC069956.1      AAH69956.1     
215384  BC092067.1      AAH92067.1     
215384  BC100564.1      AAI00565.1     
215384  EH108930.1      -      
215384  NM_001122603.1  NP_001116075.1 
215384  -       Q497G7 
215384  -       Q58E52 
215384  -       Q6IS34 
215384  -       Q7TNG6 
215384  -       Q8C5Q6 
215384  -       Q8K0P6 
215384  -       Q8R0K8 
215384  -       Q8R1G8 
215384  -       Q8R1H9 
215384  -       Q8R1J5 
215384  XM_992139.1     XP_997233.1    

其它没有链接的基序序列,请到中文Entrez序列查询工具查序列。

2,关于小鼠Gitr的基因序列

关键词:Gitr 10090,在Gene数据库搜索。结果有6个。但由于没有再详细的信息,也就没办支具体确定是哪一个了。

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