用Sequin向NCBI提交序列

如果你要用BankIt在线提交序列请看如何向NCBI提交序列?。这里再简单介绍一下如何用SequinNCBI提交序列

Sequin下载

(下载页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html

Sequin介绍

  1. 提交的是批量而且比较复杂的序列
  2. you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
  3. 喜欢图形的界面,有更的选项和功能,可以批量修改
  4. 获得相关的分析工具
  5. 随时可以保存

 

Sequin提交序列图解教程

 

1,Sequin开始界面

开始一个新的提交或是选择编辑已有保存的文件(Read Existing Record),用Sequin的好处就是你可以保存下来,可以随时修改。直到满意后再向NCBI提交。

用Sequin向NCBI提交序列

 

2,输入Title,作者,联系方式等

Title是必须的。自行添写一个。然后点Next Page到Contact菜单,添加联系方式。再Next Page,填写作者等。能填写的就填上,越详细当然是越好的。不知道的话可以跳过,因为后面也是可以重新修改的。

用Sequin向NCBI提交序列

3,添加序列

准备一个Fasta格式的序列。保存在一个文件。可以选择单个序列或是批量序列。其它的Type都是比较特殊,不常见。

用Sequin向NCBI提交序列

4,添加序列的注释信息

 上传了序列之后,点击Next Page继续添加序列的信息,如属于哪个物种的,序列注释。有没有蛋白序列等。这里也是一样,能填的就填上,不懂就Next。后面也是可以修改的。

用Sequin向NCBI提交序列

5,GenBank格式的界面,最后修改

Edit菜单

上面的步骤都完了之后。出现一个GenBank格式的界面,如下图。在这里,一切信息就一目了然。那里不对,需要修改的。双击就行了。另外,在Edit菜单比较修改作者、联系方式等资料。

用Sequin向NCBI提交序列

Annotate菜单

在Annotate菜单可以添加序列的注释,也可以批量添加。如加CDS区,exon区等等。其格式可以参照其它序列的GenBank格式。

6,保存序列

如果在中途要临时保存,在File菜单的Save,保存后的文件是.sqn。全部修改完毕后,选择File/Submission。就会有一个提示框,提示把保存后的发送一封邮件到NCBI。

用Sequin向NCBI提交序列

7,发送邮件提交序列

把保存后的.sqn文件发到gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov。等待几天,NCBI就会有回音的啦。

15 回复
  1. 段辛乐 says:

    我在提交序列后NCBI回了两封邮件 一封是自动恢复 另外一封是这样的
    We strongly recommend that this GenBank accession number appears in any publication that reports or discusses these data, as it gives the community a unique label with which they may retrieve your data from our
    on-line servers.
    We are now processing your submission and will mail you a copy foryour review prior to its release to the public database.
    You have not requested a specific release date for your sequence data.Therefore, your record(s) will be released to the public database once
    they are processed. If this is not what you intended, please contact us as soon as possible with the correct release date.

    Please send any revisions, including bibliographic information (e.g.,conversion from unpublished to published), biological data (e.g., new
    features), or sequence data as text in the body of an email to:
    gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

    别的人都只收到一封自动恢复,我这个请否帮下忙看下
    再次谢过 把您的回复发到我的邮箱吧 duanxinle@qq.com

  2. Huang says:

    最近我在批量上传时发现问题。
    用sequin批量上传序列,如果只是基因序列,没有问题。但如果该序列是酶基因,通常要附带翻译的蛋白序列cds,填写完一切信息准备提交时,软件自动检错,提示部分翻译的蛋白序列的里面出现终止密码子,是不允许的。

    请问您遇到过这种情况吗?该怎么处理,谢谢。

    柳城 回复:

    是不是终止密码子你用星号*表示了啊。去掉就是了

  3. Guangda Feng says:

    老师您好,我在批量上传一批细菌的16S rDNA时,管理员说我缺少了环境信息还有annotation,里面的项很多,我不知道怎么去回复上传这些信息,请您给指点一下。谢谢!

  4. luoxinfenfei says:

    您好老师,我最近批量上传时遇到了一些问题,希望您能帮我解决一下。
    首先是批量上传是不是要求这批序列的长度应该是一样的;
    然后就是在上传的时候我看见有FASTA+GAP这个格式,不知道这个格式是不是经过比对过的然后里面含有GAP的普通FASTA格式,我试了试这个,最后出现错误,说是要把GAP删去,然后还是一条一条的删,对于很多条序列的就很麻烦了,而且这个具体在sequin中怎么删,还不是很清楚。
    期待您的回复!谢谢!

  5. wangnan says:

    老师您好,有问题请教一下,希望能得到您的帮助:
    我用sequin.exe生成文件后,发现locus项出错了,想修改locus项(如您的例子中的test一词)。不知道有没有什么办法能改的?
    谢谢!!

  6. 李小苇 says:

    请问一下,一般细菌基因组序列提交到NCBI后多久才会有结果,我们的序列都提交两周了,还没消息呢,急啊

    _柳城 回复:

    具体请参考GenBank提交手册:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53708/一般2个工作日就应该会有回复。 如果没有,你可以发邮件去询问,手册有详细说明。

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