看清楚，这里所说的是Fastq格式，不是Fasta格式，要了解Fasta格式，请看Fasta格式的详细说明。Fastq格式也是序列格式中常见的一种。下面简单介绍一下FASTQ格式，

A FASTQ file normally uses four lines per sequence. Line 1 begins with a '@' character and is followed by a sequence identifier and an optional description (like a FASTA title line). Line 2 is the raw sequence letters. Line 3 begins with a '+' character and is optionally followed by the same sequence identifier (and any description) again. Line 4 encodes the quality values for the sequence in Line 2, and must contain the same number of symbols as letters in the sequence.

FASTQ格式的序列一般都包含有四行，第一行由'@'开始，后面跟着序列的描述信息，这点跟FASTA格式是一样的。第二行是序列。第三行由'+'开始，后面也可以跟着序列的描述信息。第四行是第二行序列的质量评价（quality values，注：应该是测序的质量评价），字符数跟第二行的序列是相等的。

FASTQ格式例子：

@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65

例如在NCBI看到的FASTQ格式如下：

@SRR001666.1 071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 length=36
GGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACC
+SRR001666.1 071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 length=36
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII9IG9IC

至于序列的quality values值，是通过一些算法得出来的。具体也搞不明白，不多讲。另外FASTQ格式是不至一种的，不同的来源会有些差异，如Illumina 1.0 FASTQ 、 Sanger FASTQ等。都是比较特殊的情况。

FASTQ格式与Fasta格式、GenBank等格式的相互转换，看BioPerl指南 – 序列格式的转换