外一篇 关于Celera Genomics公司

人类基因组 我们的DNA 外一篇 关于Celera Genomics公司

什么是Celera?

正如它的名字(拉丁文意思是“迅速的”)和宣传的口号(“发现决不等待”)一样,Celera公司以其高速度而著称。该公司于1998年在马里兰州创立,创立初始就提出了将在三年之内完成人类基因组测序的雄心勃勃的计划。

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Celera于1999年9月正式开始了人类基因组的测序工作。测序历时9个月,利用这些数据以及人类基因组计划公布的免费数据,Celera进行了人类基因组的拼接。2000年6月26日,Celera和人类基因组计划发表联合声明,庆祝他们各自独立完成了人类基因组的初步拼接工作。

之后,Celera在2001年2月16日出版的《科学》杂志上发表了他们的初步分析结果;同一周,人类基因组计划作为公共的测序组织也在《自然》杂志上报告了他们的工作成果。

Celera的测序方法

Celera采用了全基因组霰弹法来测定人类基因组序列。

Celera测序的对象

Celera使用的测序样本来自5个人,它们分别属于西班牙裔、亚洲裔、非洲裔、美州裔和高加索裔。这5个人(2男3女)是从21个志愿者中挑选出来的,而这些志愿者都是在看到报纸广告后自愿加入的。

关于测序能力和计算能力

Celera进行的人类基因组测序的迅速进展,依赖于高效率的自动测序仪–ABI Prism 3700。300台测序仪同时昼夜运转,因此,Celera每年一百万美元的电费单也就不足为奇了。

计算机在基因组拼接中起着重要作用。Celera依靠高性能的计算机技术,能够处理超过80万亿(Tb)的数据,而且这种计算在某种程序上被认为是超级计算机历史上最复杂的计算。在Celera超级计算机的初步拼接中,涉及到5x(500 million trillion)的序列比较,这在Celera的超级计算机上仍需要20 000个以上的CPU时(CPU hour)。在Celera的最终拼接中,对内存的要求也达到了64G。