NCBI查找基因实例 某个菌属下所有菌种的某个基因

关于标题的说明

某个菌属下所有菌种的某个基因,这个标题有些拗口,先来解释一下。其实应该叫做:在NCBI查找 某个“属”下所有“种”的某个基因。

比方说 稻属:光稃稻、粳稻、阔叶稻、糯稻、籼稻等。这里的实例分析是用某个菌属做为例子的。

如:Erwinia (包括有一百多个菌种,中文名:欧文菌属/欧文氏菌属)。

        基因名关键词名:16s rDNA

再具体一点的题目就叫做,查找 Erwinia菌属下所有种的16s rDNA基因

这个方法扩大的“科”下的所有“种”也是同样有效的。我当然没试验,有兴趣的就去试试。

实例分析过程

第一步:进入NCBI,用Erwinia关键词搜索,数据库选择Taxonomy(见图1左)。结果显示Erwinia属下包括了好多的种(见图1右)。

用Erwinia关键词搜索,数据库选择Taxonomy
图1左
结果显示Erwinia属下包括了好多的种
图1右,双击图片放大

 

第二步:点击第一个链接Erwinia(图1右,红色圈住的)。进去后可以看到Erwinia的taixid是551(见图2左)。由图2右可知,Erwinia菌属下有137个的菌种,1048个核酸序列。而单独Erwinia只有2个核酸序列。

Erwinia的taixid是551
图2左,点击图片放大
Erwinia菌属下有137个的菌种,1048个核酸序列
图2右,点击图片放大

 

 第三步:点击Subtree links下1048的链接,就可以显示Erwinia菌属下所有的核酸序列了,自动分配的关键词为 txid551[Organism:exp] (见图3左)。我们来看看单独用关键词 txid551 来搜索,结果显示为2个(见图3右)。

这说明:txid551关键词搜索的结果是 Erwinia的2个核酸序列。而加上 [Organism:exp] 就表示包含 Erwinia菌属 下所有种的序列。

那以后你只要记住这个关键词就行了:txid551[Organism:exp] (551换为你需要的物种txid,如小鼠的10090。可通Taxonomy数据库搜索,见第一步。后面的[Organism:exp]是可选的。)

 自动分配的关键词为 txid551[Organism:exp]
图3左,点击图片放大
用关键词 txid551 来搜索 结果显示为2个
图3右,点击图片放大

 

第四步:锁定具体物种后,接下来就是要搜索16s rDNA基因了。

用关键词:txid551[Organism:exp] 16s rDNA (结果见图4左,结果为53个,但明显有好多并不是我们想要的结果)
用关键词:txid551[Organism:exp] "16s rDNA"(加个双引号,结果见图4中,为11个。大大缩小了范围)

这说明:没有用双引号时会把16s 跟 rDNA都当作关键词,就是说16s 或 rDNA 或 16s rDNA的意思。加上双引号就是表明只有16s rDNA 一种意思了。

再来个对照关键词:erwinia "16s rDNA" (结果见图4右,结果为15个。多了几个干扰的结果,如第一个FJ544326。物种名是Erwinia chrysanthemi。但不是Erwinia菌属的。只是包含有erwinia这个关键词)

这说明:用关键词 txid551 跟 erwinia 是有区别的。txid551更加精确。erwinia的搜索有可能把含有erwinia这个词都会当作结果。

用关键词 txid551 Organism exp 16s rDNA
图4左,点击图片放大
用关键词 txid551 Organism exp   16s rDNA
图4中,点击图片放大
再来个对照关键词 erwinia 16s rDNA
图4右,点击图片放大

结论:

用关键词:txid551[Organism:exp] "16s rDNA"

数据库:Nucleotide (要找蛋白序列就选 Protein)

说明:如果这不是最终想要的结果,再继续换其它的关键词。直到满意为止。另外,我只提供方法,结果对错自行判断。

14 回复
  1. 大剑 says:

    这、这是啥啊,完全看不懂

    Lc. 回复:

    呵~不懂就略过..其实跟你们是一样的,我也是在介绍网站跟软件…不过这些网站跟软件对学生物的有用而已..你们介绍的就是所有的网民都会感兴趣的…

  2. goupigao says:

    好东西,我刚开始做分子方面的东西,也有自己的个人博客,以后会在上面写一些生物技术方面的文章,能交换链接吗?

  3. chihaidong says:

    请教楼主,我以txid551[Organism:exp] “16s rDNA”为关键词在nucleotide数据库里查,为什么题目是rna,而点击进入后又出现dna的字样呢。谢谢http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU490598.1

    柳城 回复:

    可到yunbio.com提问。
    16S ribosomal RNA gene是说16S rRNA基因,16s rRNA基因是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列。

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