简并引物的在线设计工具: GeneFisher

GeneFisher提供一个在线的简并引物设计工具,基础是同源基因。目前的版本是2.0,加入了AJAX技术。

主页:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/

GeneFisher2 – Submission

点击 Genefisher2 Submission start page ,进入GeneFisher2 – Submission页面,提交你的序列,Fasta格式的序列。或是上传。可以是核酸序列或蛋白序列,也可以单个或多个,如果是多个序列的话,会多一个多序列比对的步骤。

用网站提供的example DNA作为例子。

用网站提供的example DNA作为例子

图1 GeneFisher2 点击放大

点击 check input,先检验序列的格式。完了之后按 submit 提交。再按 align_sequences 运行多序列比对。多序列比对的程序有两种,ClustalW 和 DIALIGN 。选好后点击 align sequences 运行多序列比对。

calculate primer 

多序列比对完了后,点击下面的to consensus calculation,计算保守序列。完了点击 calculate primer,设计简并引物。按默认参数,就可以给出简并引物了。如下图:

简并引物的在线设计工具: GeneFisher

图2 简并引物设计

5 回复
  1. vegetking says:

    这几天正为简并引物克隆基因发愁呢!突然发现了柳城老师的博客,对我来说真是个宝藏啊!发现了很多有用的东西,好象明白了许多!但是具体做起来可能又是一回事吧。有机会真想向柳城老师请教啊!谢谢了!

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