GeneFisher提供一个在线的简并引物设计工具,基础是同源基因。目前的版本是2.0,加入了AJAX技术。
主页:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/
GeneFisher2 – Submission
点击 Genefisher2 Submission start page ,进入GeneFisher2 – Submission页面,提交你的序列,Fasta格式的序列。或是上传。可以是核酸序列或蛋白序列,也可以单个或多个,如果是多个序列的话,会多一个多序列比对的步骤。
用网站提供的example DNA作为例子。
点击 check input,先检验序列的格式。完了之后按 submit 提交。再按 align_sequences 运行多序列比对。多序列比对的程序有两种,ClustalW 和 DIALIGN 。选好后点击 align sequences 运行多序列比对。
calculate primer
多序列比对完了后,点击下面的to consensus calculation,计算保守序列。完了点击 calculate primer,设计简并引物。按默认参数,就可以给出简并引物了。如下图:
5条回应:“简并引物的在线设计工具: GeneFisher”
看不懂
我只是飄過一下
哈哈哈
有没有ABI primer express 软件啊,要做荧光定量PCR,想用这个软件设计引物,但找不到可以用的。谢谢了!
没有阿~~ [奋斗]
这几天正为简并引物克隆基因发愁呢!突然发现了柳城老师的博客,对我来说真是个宝藏啊!发现了很多有用的东西,好象明白了许多!但是具体做起来可能又是一回事吧。有机会真想向柳城老师请教啊!谢谢了!
请问我的多个18s rRNA应该从哪里添加?