微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer


Glimmer简介

Glimmer用于微生物DNA的基因预测,特别是细菌、古细菌、和病毒等的基因组。Glimmer(Gene Locator and Interpolated Markov ModelER)采用内插马尔可夫模型(interpolated Markov models,IMMs)来识别编码区域和从非编码的DNA中区分出来。

关于IMM的详细介绍,你可以去看这两篇文献: Nucleic Acids Research paper on Glimmer 1.0 and in our subsequent paper on Glimmer 2.0

TIGR(Institute for Genomic Research,美国基因组研究所)就是把Glimmer作为预测微生物基因的主要工具。至令已经预测了超过100种细菌的基因组。

但是这个软件并不适合真核生物。真核生物有其它专门的软件,这在以后介绍。

Glimmer主页

http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/

Glimmer下载(用于类unix系统)

Download Glimmer v3.02: http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gz

Glimmer安装

wget http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gz (下载)
tar zcvf glimmer302.tar.gz (解压,解压后目录为glimmer3.02)
cd glimmer3.02/src (进入src目录)
make (安装)

Glimmer用法

glimmer3.02/docs/notes.pdf (docs目录下的notes.pdf里有详细的用法介绍)。或是以后有需要再详解。

Glimmer的在线运行

主页:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi

Glimmer的在线运行

直接把微生物或病毒的基因组序列(Fasta格式)粘贴在文本框就行了。Glimmer程序预测基因比较严格,例如相对于ORF finder。这两个程序的比较,下次说明。


《 “微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer” 》 有 3 条评论

  1. 您好,请问Glimmer这款软件可以做replication origin预测分析吗?我看在在线的Glimmer是不是只能分析orf