日志 柳城

去掉特定长度的短序列&取motif上下游一定长度的序列

假如有大量的Fasta格式的多序列,假如要做以下处理:
问题1 去掉特定长度的短序列
若要去除其中小于五十碱基的序列,请问如何操作;
问题2 取motif上下游一定长度的序列(含motif)
假如我要取每个序列中motif为“AAAA”及其上下游10个碱基的序列片段,并输出位置信息,请问如何编程处理
来源:perlchina