rebecca 童鞋还是第一次问我数据处理的问题阿。其实我对这种问题是比较感兴趣的。

数据是这样子的。 Continue Reading

这次讲讲perl里跟模式匹配或叫正则表达式有关的东西。

最近 ghxiao 童鞋常常问我用perl处理数据的问题。今天来分享一段代码吧。

比如说，给出一个序列文件，里面都是Fasta格式的序列。 然后序列里面有一些NNNNNN的连续字符。

问题就是要得出这些NNNN的一段字符在该序列的具体位置。（就是匹配某字符串） Continue Reading

这里简单介绍一下用Perl来实现抓好取网页的源代码，以及用POST的方法来提交表格，并返回结果。难的讲不来，讲讲简单的。

这里讲到的Perl模块有：

use LWP::Simple;

use LWP::UserAgent;

用perldoc查看详细的用法。 Continue Reading

今天再来分享一小段Perl脚本，其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。

网友niche Says:

你好，你有没有分割fasta文件的perl脚本，我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件，谢谢！

如果不懂fasta文件，可以再看一下解释： Continue Reading

对于我们所操作的文件或是数据，行数是一个最常用的值。最后的统计结果当中，这个行数也是差不多作为一个必需项出现的，因为行数在大部分情况下，就是代表着总数。

我每天工作都是在接触两种系统：XP和Linux。所以介绍两种我常用的计算行数的方法，Excel的方法及linux命令的方法。 Continue Reading

Linux下我们用 sort 与 uniq 的命令来实现去重复行。

去重复行

简单的用法如下，如一个文件名：happybirthday.txt

cat happybirthday.txt (显示文件内容)

Happy Birthday to You!
Happy Birthday to You!
Happy Birthday Dear Tux!
Happy Birthday to You!

cat happybirthday.txt|sort （排序）

Happy Birthday Dear Tux!
Happy Birthday to You!
Happy Birthday to You!
Happy Birthday to You!

cat happybirthday.txt|sort|uniq (去重复行)

Happy Birthday Dear Tux!
Happy Birthday to You!

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这是对大批量数据而言的，数据少的话其实没多大意思。我喜欢大批量的数据。对于大批量的数据，最好用的工具其实还是Linux，如果是稍微少一些的话，直接用Excle就行了。

这里介绍两种办法，去掉重复的数据。说之前来复习一下我喜欢的一句话：柳城博客(Lc.)， 努力在数据的海洋里畅游。

1，用Excle，适合不算太大量的数据

如果是用Excle，太大的数据打开会有问题的。打开十几M的大小的Excle都够吃力的。如果电脑内存差些，那更加惨。不过，这种情况是适合大部分人的。 Continue Reading