批量做Blast的问题还是蛮多网友问起的。既然这样，在这里就稍微讲讲吧。其它的Blast基础知识就略过了，不懂的就去Google本地Blast用法。

这篇文章默认为你已有了Blast的基础。 Continue Reading

在前些日子，我已经发表过一篇文章，指出Blast较低版本的一个Bug，是非标准密码子的问题。有兴趣的请围观：http://liucheng.name/1109/

又一个BUG的发现

最近有一个同事，在使用Blast时又发现一个奇异的结果。如用下面的氨基酸序列做Blastp： Continue Reading

博客的一开始，就确立了以“生物信息学”内容为主，个人兴趣为辅的主题式博客。虽然中间我也曾考虑过要不要重新定位，事实上近来的文章都是跟生活有关的，对于“生物信息学”的内容已大大的少了。

在新一年里，我依然还是会坚持一开始的定位。 另外，既然是个人博客，那就随意一点吧，我的博客，我作主。 Continue Reading

NCBI系统维护，北京时间：2009/11/14  4:00AM ~ 11/15号 9:00AM

在这段时间期间，PubMed、Blast等服务将受到影响，出现间隔性地缓慢（如果出现NCBI上不了也是属于正常的）。

还有，像数据提交这类系统，如BankIt，GEO, SRA，PubChem等将会暂时停用。 Continue Reading

Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。关于BLAST程序的详细介绍看： http://liucheng.name/1008/

 在做BLAST序列比对的过程中，发现了一个比较奇异的问题。 Continue Reading

这里所说的改版是首页版面的改版。截几张图。

NCBI简介

NCBI是美国国立卫生院建设的关于生物医学网站，提供文献、基因序列、蛋白序列等的功能性数据库，其Blast分析功能和PubMed文献为广大科研工作者提供了极大的方便。

详细：NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介

NCBI的首页正在准备改版。过不久，就会把新的放出来。看两张图对比一下。 Continue Reading

原标题：The Genome Reference Consortium Human Genome Build 37 now Available。其中“The Genome Reference Consortium”，找了好久都找不到正确的翻译。按我的理解，可译为基因组参照序列联盟（The Genome Reference Consortium，简称GRC）。

 在2009年8月份，NCBI发布了版本37的人类基因组序列（build 37 of the human genome）。这个版本包含了由GRC提供的新测序的序列和新组装的序列。

 GRC联盟

 GRC联盟是由英国Wellcome Trust Sanger研究中心（the Wellcome Trust Sanger Center）、华盛顿大学基因组中心（The Washington University Genome Center）、欧洲生物信息研究所（the European Bioinformatics Institute）和美国国家生物技术信息中心（NCBI）联合组成。 Continue Reading

这标题最长。哈哈。好吧，进入正题。

问题如下:

我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子和外显子的序列？ Continue Reading