Bioinformatics,生物信息学

用网站提供的example DNA作为例子

简并引物的在线设计工具: GeneFisher

GeneFisher提供一个在线的简并引物设计工具,基础是同源基因。目前的版本是2.0,加入了AJAX技术。

主页:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/ 阅读更多

用关键词sesame,数据库选Taxonomy

如何批量下载某物种的EST序列

直接切入正题吧。这篇文章是讲解批量下载某物种的EST序列数据。大体上的思路有几种方法:

  1. 用NCBI的Entrez搜索下载
  2. 用NCBI的FTP下载
  3. 其它二级数据库,专门提供的EST序列下载

这里重要介绍用NCBI的Entrez搜索来下载EST序列。NCBI的FTP嘛,找了半天也没有找到单个物种的EST序列,打包在一起的才有。第三种办法嘛简单提一下PlantGDB网站,植物方面的基因组序列和EST序列比较齐全。

锁定物种:芝麻sesame,Sesamum indicum) 阅读更多

用Erwinia关键词搜索,数据库选择Taxonomy

NCBI查找基因实例 某个菌属下所有菌种的某个基因

关于标题的说明

某个菌属下所有菌种的某个基因,这个标题有些拗口,先来解释一下。其实应该叫做:在NCBI查找 某个“属”下所有“种”的某个基因。

比方说 稻属:光稃稻、粳稻、阔叶稻、糯稻、籼稻等。这里的实例分析是用某个菌属做为例子的。

如:Erwinia (包括有一百多个菌种,中文名:欧文菌属/欧文氏菌属)。

        基因名关键词名:16s rDNA

再具体一点的题目就叫做,查找 Erwinia菌属下所有种的16s rDNA基因

这个方法扩大的“科”下的所有“种”也是同样有效的。我当然没试验,有兴趣的就去试试。 阅读更多

生物信息学前沿技术专题培训班-【华大基因十周年特别推荐课程】

值此华大基因十周年庆,我们特隆重推出生物信息学系列精品课程——《生物信息学前沿技术专题培训班》。课程内容涵盖新一代测序技术应用和多种数据分析软件等最新最快的前沿信息。新学年,新起点,新平台,新气象!来这里您将目睹基因新技术和新产业的迷人魅力,来这里您将切身体会生物信息学的震撼力量,来这里您将感受业内顶尖专家学者的灵感火花……机会难得,不容错过!赶快行动,立即报名吧!

华夏生骄子,大国有精英。

         十年耕耘结硕果,而今杏坛谱新篇。

 

主办单位:深圳华大基因研究院

培训时间:2009年9月16日至9月20日

培训地点:中国•深圳 阅读更多

如何在NCBI批量下载GenBank序列

GenBank的序列很多,有时我们需要批量下载。这里介绍几种办法,如何从NCBI批量下载GenBank序列。有不对的地方,欢迎指正。

批量下载前须知

批量下载前,我们必须先清楚,下载大量的数据,对服务器是一种非常大的挑战。对网络也是一种大的挑战。NCBI的数据都是免费提供下载的,所以你要清楚,尽量不要使用多线程的工具下载,因为你的IP有可能给封;不要太频繁的大批量下载,中间要有间隔(即使是几秒); 阅读更多

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外一篇 关于Celera Genomics公司

人类基因组 我们的DNA 外一篇 关于Celera Genomics公司

什么是Celera?

正如它的名字(拉丁文意思是“迅速的”)和宣传的口号(“发现决不等待”)一样,Celera公司以其高速度而著称。该公司于1998年在马里兰州创立,创立初始就提出了将在三年之内完成人类基因组测序的雄心勃勃的计划。

256px-Celera_Genomics_logo

Celera于1999年9月正式开始了人类基因组的测序工作。测序历时9个月,利用这些数据以及人类基因组计划公布的免费数据,Celera进行了人类基因组的拼接。2000年6月26日,Celera和人类基因组计划发表联合声明,庆祝他们各自独立完成了人类基因组的初步拼接工作。 阅读更多

DNA测序的艺术

DNA测序的艺术

4 人类基因组 我们的DNA DNA测序的艺术

人类基因组计划(HGP)总是被拿来与登月计划作比较。它们两者都备受公众和媒体注目;都具有新奇性,冒险精神和学科间的高度合作,还有竞争性和争议性。它们各自的最终产品—人类基因组序列和人类的登月成功—都是科学技术发展的里程碑。

基因组测序概观

DNA测序,用于描述解读四个遗传字符(A、C、G、T)在DNA链上的排列次序的实验过程。基因组怎样测序?

  1. 选择物种
  2.  从细胞中分离DNA,获得大量高质量的样品
  3.  把经纯化的DNA随机切割成大小合适的重叠的片段
  4.  把DNA片段插入载体中,这就可以无限扩增(“克隆”)
  5.  测出每一DNA片段的碱基顺序
  6.  确定片段间的重叠,把序列组装成最终的基因组序列。 阅读更多
人类基因组入门(二)

人类基因组入门(二)

3 人类基因组 我们的DNA 人类基因组入门(二)

聚焦基因组,生物体水平的知识

  • 构成人体的十个相互依赖的系统。(肌肉系统、呼吸系统等)
  • 每个系统由许多的组织和器官构成
  • 每种组织和器官是不同细胞类型的组合。
  • 细胞是生命形式的基本单位。
  • 生物体的细胞数量从一个到数万亿个不等
  • 人体有200多种在形态、寿命和功能上都不相同的细胞
  • 但是,一个人的每一个细胞都含有相同的遗传信息。
  • 遗传信息的选择性表达,导致细胞的多样性。
  • 细细长长的DNA盘绕成染色体
  • 每一物种将DNA分成特定数目的染色体(如蚊子6条染色体、豌豆14条)
  • 人类有46条染色体,排成23对,其中22对为常染色体,剩下的一对是性染色休(男性XY,女性XX)
  • Y染色体是人类基因组中最小的染色体,像一片森林中的一个小树桩 阅读更多