Bioinformatics,生物信息学

用Sequin向NCBI提交序列

用Sequin向NCBI提交序列

如果你要用BankIt在线提交序列请看如何向NCBI提交序列?。这里再简单介绍一下如何用SequinNCBI提交序列

Sequin下载

(下载页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html

Sequin介绍

  1. 提交的是批量而且比较复杂的序列
  2. you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
  3. 喜欢图形的界面,有更的选项和功能,可以批量修改
  4. 获得相关的分析工具
  5. 随时可以保存

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关于mIgG1 Fc段与Gitr的基因序列

NCBI搜索基因序列的实例分析之:关于mIgG1 Fc段与Gitr的基因序列

来看问题~

1,mIgG1 Fc段的基因序列是什么?怎么搜?

2,关于鼠的IgG1 Fc的CDS在NCBI上还是没找到(可能是不太会用),还有想知道鼠的GITR胞外段序列该怎么找?

分析问题:

问题太过简单。只有关键词mIgG1、Fc、GITR、基因、序列。不知道的人完全搞不明白,因为像mIgG1、Fc、GITR这些关键词所匹配的基因太多了。

如加一些描述性的信息,Fc与GITR基因,全称是什么。功能啊之类的。要找什么物种的基因啊。 阅读更多

Plot of NP_004170

NCBI工具:BLAST 2 Sequences的用法

BLAST 2 Sequences,在很早前NCBI就有提供这种工具的了。最近在2008年底又重新改版了,改版后的功能更加强大。有许多非常实用,但你可能不是太清楚的功能。这里大概提一下,具体的详细用法,还是要靠你自己慢慢摸索。

功能介绍:

  • 1,两个序列之间的比对(BLAST 2 Sequences),这是最初的功能
  • 2,BLAST 多个序列。
  • 3,BLAST 2 Sequences时,还能用点矩阵图(Dot Matrix)查看
  • 4,BLAST 多个序列时,还能进一步做进化树分析。

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构建Web页面的Blast(windows/linux)

准备1:Linux,下载blast。看最新版的blast下载,找到适合你的版本。假设安装在/usr/ncbi/blast/

准备2:php环境,运行一个例子看看。如果一切胜利。正常情况下,一般需要在你用户名(如zhenglc)下建个文件夹public_html,里面随便放个页面。内容可以是: 阅读更多

最新版的blast下载

在NCBI最新版的Blast可以通过FTP下载。目前的最新版本是2.2.20

 下面的wwwblast所指的是已经构建好的基于web页面的blast。windows下的版本还没有。

platform    blast      netblast     wwwblast 阅读更多

NCBI查找基因序列实例分析-羊GAPDH基因

之前也发过几篇关于在NCBI查找序列的,你可以在本博客里搜索一下。这方面问的人比较多。通过一些实例的分析,帮助大家更好的理解。

这里再讲解一下查找GAPDH基因的例子。

1,进入NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2,选择Gene数据库(注,Gene数据库收录的基因序列相对较少。你也可以选择Nucleotide数据库,用相同的关键词搜索一下试试看)。 阅读更多

乳癌数据库(Breast Cancer Database)

The database contains comprehensive listing of “molecular alterations associated with Breast Cancer”.

It includes information related to molecular alterations at the genome, mRNA and protein levels. The data can be queried or browsed at DNA, mRNA and Protein levels.

The entries are linked to the Human Protein Reference Database (HPRD) for manually curated protein annotation; as well as to ONCOMINE, OMIM, Swiss-Prot and GeneCards.

http://www.breastcancerdatabase.org/ 阅读更多

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

1,SMART入门,蛋白结构和功能分析

详细: http://www.liucheng.name/?p=738

2,Sanger的Pfam数据库

网址:http://pfam.sanger.ac.uk/

目前的版本:Pfam 23.0 (July 2008, 10340 families)

The Pfam database is a large collection of protein families, each represented by multiple sequence alignments and hidden Markov models (HMMs). 阅读更多