Sequence Scanner Software v1.0

Sequence Scanner,显示分析ABI基因分析仪DNA图谱数据软件。

Sequence Scanner Software v1.0 allows users to view, print and export sequencing sample files generated using Applied Biosystems genetic analyzer instruments. This software will also enable users to edit bases, manually trim a sequence read and generate reports. Base calling and auto-trimming features are not supported in Sequence Scanner Software.

This software reads .ab1 files generated from ABI PRISM 310, 377, 3700 DNA Analyzer and Applied Biosystems 3100-Avant, 3100, 3130/3130xl and 3730/3730xl systems. 阅读更多

试用Google强大的Search Element

试用Google强大的Search Element

WordPress自带的搜索功能,其实一直觉得都不是太好。找到一些增强WordPress的插件,但都不是太理想。

Search Everything,不支持中文关键词。真是典型的老外插件。还有Search Unleashed,这个插件的功能还是非常强大的。基本上你需要的功能都有啦,不简单。但搜索结果却有作者的广告,如果你不介意的话,那倒关系不大。我就不大喜欢啦,可以说是极度讨厌。哎~,没办法,谁叫俺们不争气。

我也懒得去改这两个插件的源代码。

不过,今天我发现了更好的。嘿~Google的Custom Search Element,非常强大。 阅读更多

NCBI新的数据库和工具(NCBI News, June 2009)

BioSystems

BioSystemsNCBI新的数据库,收集合作的公共数据库中所有生物系统的数据。BioSystems是一个集中的生物系统知识库,联合Entrez系统的文献,分子,和化学等的数据。

目前的BioSystems包含有来自KEGG和BioCyc的生物信号通路,未来将会容纳更多其它类型的生物系统数据库。生物系统的明细图和注释在来源的数据库网站可以找到。在NCBI的Gene, HomoloGene, OMIM, 和 Protein Clusters 数据库的记录将会有链接到BioSystems。详情更登陆BioSystems的主页:www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/ 阅读更多

蔡琴

【弦动我心】紫色蔡琴

(NJ:蚂蚁大家好,欢迎各位进入我们今天的国际在线,在线广播节目。这里是弦动我心,我是蚂蚁。音乐是要用心去听的,可惜现在能让人迷恋的好歌好曲越来越少,在音像店里流连,翻遍CD架,时常会空手而归。于是只好怀旧,怀念旧时听过的好歌,怀念那些曾让人意醉情迷的好曲,怀念渐行渐远的那些美好的声音,譬如罗大佑、齐豫、恩雅,譬如蔡琴……

在小一些的时候是不懂蔡琴的,总以为滑耳而过的不过是一个优雅的女声;亦或是商场发烧音响试音间里一堆Hi-Fi天碟封面上唯的一张东方人的脸。有些东西是需要用历练去理解,用时间去体悟的。现在还是不敢说就懂了蔡琴,只是愿意用这一把低回的女声填充在那些光阴空白处的生活缝隙里,比如现在,一个盛夏之夜来临之前的暗淡时分,这个到处都飘着泛黄怀与旧味道的城市的黄昏。 阅读更多

WordPress 2.8.1 Beta 1

WordPress 2.8.1修改了一些BUG,如某些主题用get_categories()依然有效;升级失败时也不会删掉一些文件;编辑器问题;安全问题等。

We’ve started work on the first maintenance release to 2.8.  2.8.1 will fix a handful of bugs that turned up in 2.8.  Today we’re releasing the first beta of 2.8.1.  Download it, and check out the bugs fixed so far.  Here are some of the notable issues that are fixed in beta 1. 阅读更多

Fatal error: Allowed memory size of 33554432 bytes exhausted

WordPress升到2.8后,又发现了一个问题。在后台控制面板显示官文插件的地方出现了错误提示

Fatal error: Allowed memory size of 33554432 bytes exhausted

搜索了一下。发官方网站的论坛还是发现了这个问题的解决方法。

在根目录的有个文件:wp-settings.php

第13行:

define('WP_MEMORY_LIMIT', '32M');

改为     :

define('WP_MEMORY_LIMIT', '64M');

问题搞定。 阅读更多

Citation Sensor

Entrez系统扩展组件更有利于检索

Entrez系统增加新特征

在2009年3月4月份的NCBI NEWS 分别有提到了Entrez系统新的一些特征面貌。此次改版后,在文献和序列数据库,栓索的结果增加了一些相关的和可能感兴趣的链接,更加有利于用户的检索,更容易搜到期望的结果。

这些新的扩展组件叫做discovery components,主要有三种类别:Sensors, Database Ads, 和Analysis Tools

Sensors组件在搜索的同时提供一种潜在的更加相关的结果以供选择。对PubMed数据库而言,Citation Sensor是当用户在PubMed数据库搜索文献时显示的;Accession Sensor是用户在PubMed数据库搜索序列数据库相关的数据库显示的,提供在序列数据库的搜索结果;还有一个Hot Topic Sensor,也是在PubMed数据库栓索结果中显示的,例如最近显示是有关H1N1的一些信息。这个是经常改变的,以当前的热门话题为参考。Gene Sensor,精确匹配和显示Gene数据库的结果,开始只在PubMed数据库试用,现在protein 和 nucleotide 数据库一样支持。 阅读更多

NCBI Entrez系统简介

Entrez是面向生物学家的数据库查询系统,其特点之一是使用十分方便。它把序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起,通过超文本链接,用户可以从一个数据库直接转入另一个数据库。

NCBI所有数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery 阅读更多