生物信息学作业(二):核酸及蛋白质序列的比对

一、 实验内容

利用检索出的蛋白质和核酸序列进行序列比对并进行分子进化树分析。

二、 作业

1、绘制分子进化树,并标明各个物种phyA蛋白之间的序列相似性。 阅读更多

生物信息学作业(一):生物信息数据库信息检索

实验内容:

1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。

2、了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学网站。

3、了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如:Biooo和Bioon。

4、利用NCBI的Entrenz查询系统和EBI的SRS检索文献和核酸或蛋白质序列。(phyA)并对照所学复习各字段的含义。

5、将所得记录的ID或Accession记录下来备用 阅读更多

适合新手练习的实验:核酸序列分析

此文章来源于网络。讲解了核酸序列分析一些基本的步骤和常用到的网站。适合刚接触生物信息学或是刚接触核序列分析的朋友。

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【实验目的】

不可思议,有个文章页面比首页的PR值还高!!

不可思议,有个文章页面比首页的PR值还高!!

惊讶~不可思议。

今晚用IE浏览器(装有Google工具条的)浏览柳城博客时,发现了一件令人大跌眼镜的事情。

网站里有个文章页面竟然比首页PR值还要高。首页才1,可是这个页面达到3啦!!!

怎么会有这种事情?? 废话少说,上图。 阅读更多

Haploview软件使用,单倍型分析

Haploview软件使用,单倍型分析

Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件,该软件具有如下功能:

  • 1.连锁不平衡与单倍型分析
  • 2.单倍型人群频率估算
  • 3.SNP与单倍型关系分析
  • 4.相互关系的排列测验
  • 5.可以从HapMap上直接下载基因型信息

网址:http://www.broadinstitute.org/haploview 阅读更多

Primer3下载,批量设计引物

Primer3 is a widely used program for designing PCR primers (PCR = “Polymerase Chain Reaction”). Primer3 can also design hybridization probes and sequencing primers.

Primer3,批量设计PCR引物、杂交探针、测序引物的工具。支持各种系统XP,Linux,Mac等。也有各种语言的版本,如C/Perl等。

主页:http://primer3.sourceforge.net/ 阅读更多

Primer 3 在线引物设计工具

Primer3在线引物设计工具

开始之前:其实非常简单,不需要你下载任何软件,但是你得有一台电脑能上网。当然,最重要的是,你要很清楚用于做引物的模板序列,至于怎么找模板序列,不再本次讨论范围。另外,要先对PCR目的序列的长度有个大致估计,好了,马上开始吧:

第一步:找到Primer3的站点。你不用记住这个站点,但是要记住“Primer3”这个词,然后打开GOOGLE首页,输入Primer3,跳出来的第一个项目就是了“Primer3 Input 0.4.0 ”,网址是http://frodo.wi.mit.edu/阅读更多

SMART入门,蛋白结构和功能分析

SMART入门,蛋白结构和功能分析

SMART介绍

SMART (a Simple Modular Architecture Research Tool) allows the identification and annotation of genetically mobile domains and the analysis of domain architectures. More than 500 domain families found in signalling, extracellular and chromatin-associated proteins are detectable. These domains are extensively annotated with respect to phyletic distributions, functional class, tertiary structures and functionally important residues. Each domain found in a non-redundant protein database as well as search parameters and taxonomic information are stored in a relational database system. User interfaces to this database allow searches for proteins containing specific combinations of domains in defined taxa. For all the details, please refer to the publications on SMART.

SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/),可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说,就是集合了一些工具,可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区(Transmembrane segments),复合螺旋区(coiled coil regions),信号肽(Signal peptides),蛋白结构域(PFAM domains)等。 阅读更多