Perl:FastQ与FastA格式的相互转换

今天再介绍一个Perl的脚本,实现FastQ与FastA格式的相互转换。这个脚本还支持把SCARF格式转化为standard/Sanger FASTQ格式。

FASTQ根据来源的不同,可分为多种。如standard/Sanger FASTQ,Solexa/Illumina FASTQ,FASTQ-like forma等

关于FastQ的格式,详细请看:Fastq格式的详细说明

关于FastA格式,详细请看:Fasta格式的详细说明

而至于SCARF格式,因为我没接触过。所以具体也不是太清楚。 阅读更多

Perl 5.10版的新特性与下载

Perl就不多讲了。ActivePerl 5.10是最新的版本。windows版本的点击这里下载。下面是详细列表。

Perl 的5.10版

Perl 基金会公布了 Perl 的5.10版本,该版本是这个广为流行的动态语言五年多来的首次主要升级。最新的版本不仅在已经非常成功的5.8.x的基础上添加了强大的新功能,而且对 Perl 解释器本身也进行了改进。Perl的开发团队,即 Perl Porters,从雄心勃勃的 Perl 6项目,以及其他的主要流行语言中,吸取了特性和灵感,并将它们融入了 Perl 语言实用为上的理念之中。 阅读更多

整理:WordPress插件制作入门教程

前言

最近在学习如何制作WordPress插件。在这方面,网上的资料还是不多的。我是指适合入门的资料。今天又在网上搜索了一下,发现了几篇非常不错的制作WordPress插件的教程。

现在把这几篇文章整理放在一起,以方便大家学习。 阅读更多

Compute pI/Mw:计算序列等电点和分子量的工具

Compute pI/Mw:计算序列等电点和分子量的工具

EXPASY简介

ExPASy网站上有很多生物信息学相关的分析工具。

EXPASY是由瑞士生物信息研究所(SIB)维护的蛋白组学分析平台,侧重于蛋白序列,结构及2-D 电泳数据的分析。

Compute pI/Mw tool

下面先来介绍其中一个小工具,

Compute pI/Mw tool,计算序列的等电点分子量/theoretical pI (isoelectric point) and Mw (molecular weight)。 阅读更多

USENET新闻组简介

这里,将要向大家介绍用户可能不是很熟悉,但是同样极具价值的互联网上的另一个重要的应用—Usenet

作者:阮一峰

1. 起源

简单地说,USENET是一个巨大无比的网上讨论组,一般也称为“新闻组”(newsgroups)。你可以将它想象成一个包罗万象、无所不有的网上论坛,但是它又不同于我们通常看到的普通论坛。这要从它的起源说起。 阅读更多

《Perl语言编程(第三版)》

收到《Perl语言编程(第三版)》

今天上午收到了《Perl语言编程(第三版)》这本书。Perl最经典的参考书。这本书有1000多页,是我看过的书中最厚的一书(当然除去字典之类的参考书不算^_^),103.20的RMB也是挺贵的。不过相对于1000多页与这本书所提供无价的知识而言,当然不算什么。有得再便宜的话那当然最好不过了。

我已经深深地给这头骆驼吸引了。书里还有用Perl写的诗歌,非常有趣。有机会放上来跟大家分享一下。

对书的质量也挺满意,非常有重量感。从淘宝网上买的。结果却发现是从当当网发货的,真是让人有点气愤。因为我明明上当当网查到,是缺货状态的嘛。不过刚刚我又去查了一下。发现又有货了。当场晕掉,幸好价格是一样的。

来看一下这头骆驼的魁力….. 阅读更多

附广州长隆野生动物园图片一张

又是一年8月1号,记念工作一周年

又是一年8月1号

2008年8月1号,多好的日子。正是本人结束学生时代,正式上班的第一天。从校园走到社会,从学生到职业人,这是人生当中大的转变。当我们还沉浸在离别的悲伤时,找工作的压力也随之而来。

不管你接受与否,岁月的巨轮在推着我们向前迈步。转变,总是难以接受的。特别是摆在你面前的所有事物都是未知的。

我对广州一直都没有什么好的印象,人多,车多,空气不好,城市规划又乱。我只好头晕目眩。当时又正值七、八月份,正是一年当中最热的日子。而一个刚到陌生地方的我却有着太多的事情,租房子/办暂住证/体检….身心与身体的双重疲惫。

值得可幸的是,2008年8月1号上班的第一天感良好。公司给我印象很好,部门给我的印象很好,同事给我的印象也很好。更加值得可幸的是,2008年8月8号就是奥运会开幕式了。 阅读更多

曾经用过的的WordPress插件

前言

装了太多的WordPress插件了。最多的时候应该超过了30个,不过进后台明显变慢。努力把不必要的插件启量删除。

发个贴,记念一下这些插件。非常优秀,但现在不大需要的插件。

WordPress插件

已经舍弃的插件

1,Easy AdSense

Google Adsense广告插件。非常优秀的插件。可以实现的功能非常多,在WordPress也是热门插件中一款。一直以来我都是用这款的。但是不久前的一次升级,这个插件加上了一个我不喜欢的功能。就是至少会有5%的机会显示插件作者的广告。应该是要捐款之后才能把这限制去掉。不爽,所以去掉了。 阅读更多