留言本∷柳城博客

Page | 留言本

Hi, 有什么问题或建议请在这里留言! 我回尽快回复~

493条评论于 “留言本”

diyidu Says: 十二月 30th, 2009 at 14:47
留个脚印，支持．

[回复]
柳城回复: 十二月 31st, 2009 at 08:49
谢谢支持.. 新年快乐

[回复]
yy Says: 十二月 30th, 2009 at 15:12
不错不错，学习了，希望博主能加上MrBeyes软件的使用方法

[回复]
柳城回复: 十二月 31st, 2009 at 08:50
哈哈.. 没用过.. 新年快乐!!

[回复]
SErHo Says: 十二月 31st, 2009 at 02:07
在这里祝你新年快乐哈，呵呵

[回复]
柳城回复: 十二月 31st, 2009 at 08:50
新年快乐!!

[回复]
苏囧 Says: 十二月 31st, 2009 at 11:49
元旦快乐。恭喜你PR升了。

[回复]
柳城回复: 十二月 31st, 2009 at 12:11
同喜啊.. 新年快乐!

[回复]
张三 Says: 十二月 31st, 2009 at 14:06
＃〓§〓〓〓〓〓〓§〓〓〓〓〓〓§〓〓〓〓〓〓§〓＃
　　↓　　　　　↓　　　　　　↓　　　　　↓
　☆★☆　　　☆★☆　　　　☆★☆　　　☆★☆
☆　新　☆　☆　年　☆　　☆　快　☆　☆　乐　☆
　☆★☆　　　☆★☆　　　　☆★☆　　　☆★☆
　　↓　　　　　↓　　　　　　↓　　　　　↓
　　※　　　　　※　　　　　　※　　　　　※

[回复]
柳城回复: 一月 1st, 2010 at 07:44
元旦快乐！！

[回复]
星网 Says: 一月 1st, 2010 at 01:46
新的一年新的面貌 “星网”在第一时间祝博主新的一年发大财走红运天天开心永远幸福！博客越办越好O(∩_∩)O~

[回复]
柳城回复: 一月 1st, 2010 at 07:44
谢谢！！元旦快乐！！

[回复]
619 Says: 一月 1st, 2010 at 08:03
新年好！

[回复]
柒柒肆壹 Says: 一月 3rd, 2010 at 19:47
请问生成的 Archivers目录下的内容怎么添加到 Sitemap 中？

用XML-Sitemap怎么设置？

或者用什么插件可以完成？主目录加Archivers目录的完整的Sitemap

请发邮件给我谢谢！

[回复]
柳城回复: 一月 4th, 2010 at 11:06
恩.. 暂时还没得设置!!

[回复]
D-Horse Says: 一月 4th, 2010 at 12:20
LC.兄你好啊，不好意思又来打扰你了：）我现在在做一个课题：“结直肠癌细胞凋亡过程中microRNA显著性靶向信号转导通路分析”。我们前期已经完成的工作是用生物芯片的方法，找出了在结直肠癌细胞凋亡过程中数量变化明显的miRNA，大约有80个左右。每个miRNA都对数百个靶基因或靶蛋白有作用，而每个靶基因或者靶蛋白又存在于数百个信号通路（pathway）之中，也就是说，miRNA通过对靶基因或靶蛋白的作用来影响信号通路。我们现在的工作就是，找到和这80个miRNA相关的信号通路，然后再取这些信号通路的交集，找到与“结直肠癌细胞凋亡过程”关系最密切的那个或者那几个靶基因或者靶蛋白。这其中可能还要涉及到每个靶基因或者靶蛋白的加权值算分问题。我们现在用到几个数据库，比如mirBase,TargetScan,KEGG,GO等。
我不知道你有没有接触过用生物信息学方法分析信号通路这类的研究工作。我们现在的思路是自己建一个数据库，把所有需要的数据都整合装进来，但感觉这个工作量实在太大，而且没什么技术含量。我在想有没有方法可以避免自己建立数据库，来解决这个问题。比如我发现KEGG有自己的API函数，应该可以在外部直接调用数据库中资源。还有就是有没有相关的软件或者参考文献可以介绍一下呢？谢谢啦~
最后祝新年愉快啊，不过可能有些晚了，呵呵~新的一年一切顺利哈~

[回复]
柳城回复: 一月 5th, 2010 at 09:16
虽然我最近也在看KEEG,不过我是不懂信号通路的.. 其实弄个数据库也不错啊, 也是一篇论文了. 你们研究得都很高深, 你学计算机的怎么会弄这个呢~

[回复]
D-Horse 回复: 一月 5th, 2010 at 11:37
算是我们信息学院和药学院的一个联合课题吧。。我也是真正意义上第一次接触“生物信息学”，有一个从感性认识到理性认识的过程吧，呵呵，还是遇到了一些困难。以后有什么问题我还会再向你请教的~你的博客我每天也都会关注学习的~

[回复]
wilion 回复: 一月 22nd, 2010 at 23:02
我做这方面的想跟您聊聊 QQ：86388725

[回复]
万戈 Says: 一月 5th, 2010 at 09:51
柳城兄，请问一下你的首页还招友链吗？有没有什么要求？能不能挤个位子给我？谢谢啊～

[回复]
柳城回复: 一月 5th, 2010 at 10:13
欢迎...现在就加. 没啥要求, 给我相中了就加.

[回复]
万戈回复: 一月 5th, 2010 at 10:57
鸡冻万分，我也去加～

[回复]
xhyuo Says: 一月 5th, 2010 at 14:18
您好！
我想做Manhattan plot，下载了r 的gap包总是有错误提示说找不到对象ylim 后来发现应该是个bug。
用associationviewer 也不成功
我手头上有txt的数据里面有snp id ， position， p－value，chr
请问如何画Manhattan plot
拜谢！！

[回复]
柳城回复: 一月 6th, 2010 at 09:02
R我不会..貌似perl的svg也可以作图.. Manhattan plot是什么意思呢?

[回复]
niche Says: 一月 12th, 2010 at 17:00
博主你好，你有没有分割fasta文件的perl脚本，我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件，谢谢！

[回复]
柳城回复: 一月 13th, 2010 at 09:42
好了. 看http://liucheng.name/1205/

[回复]
D-Horse Says: 一月 12th, 2010 at 18:41
我是来试一下我的新Gravatar头像的。。呵呵

[回复]
柳城回复: 一月 12th, 2010 at 21:33
嘿嘿~不错阿。

[回复]
ying Says: 一月 14th, 2010 at 20:45
做的很好的站！经过留下痕迹！

[回复]
王辉 Says: 一月 15th, 2010 at 00:03
柳城，你每天放在博客上的时间是多少？

[回复]
柳城回复: 一月 15th, 2010 at 08:58
没多少了... 有空的时候望几眼. 有时一两个小时也会有的.

[回复]
D-Horse Says: 一月 15th, 2010 at 10:37
Lc.兄啊，问一个简单的问题。。我在查询targetscan查询hsa-mir-144信息：http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_50/targetscan.cgi?species=Human&gid=&mir_sc=&mir_c=&mir_nc=&mirg=hsa-mir-144其中的第三个基因“SLC12A2”，点开后可以看到它的基因GeneID:6558（显示在最左上角），那么有没有什么方法，比如bioperl，是否能让我输入基因名，直接返回基因ID呢？谢谢啦！

[回复]
柳城回复: 一月 15th, 2010 at 13:34
http://smd.stanford.edu/cgi-bin/source/sourceBatchSearch
http://liucheng.name/768/ (下载NCBI的gene_info.gz..)

不过,由于基因名的不唯一性(有时还是别名...), 有多对一,或一对多的情况.小部分数据还是需要人工看看的...

[回复]
D-Horse 回复: 一月 15th, 2010 at 13:42
好的，我再试试~谢谢啦~

[回复]
柳城回复: 一月 15th, 2010 at 14:06
你的情况更加好办了.. SLC12A2不是有个链接到NCBI的么..url有个TermToSearch=285016
就是对应的geneID了.. 很容易吧.

[回复]
D-Horse 回复: 一月 15th, 2010 at 15:55
恩，这个是比较方便，那可以自动获取这个URL地址么？否则还是要用鼠标一个个放上去去看啊。。光hsa-mir-144就有647个靶点。。我们要做7、80条miRNA..工作量还是不少。。

[回复]
柳城回复: 一月 15th, 2010 at 17:58
你随便用perl,或php编个脚本就是了。无非就是提取html中的url~

[回复]
D-Horse 回复: 一月 15th, 2010 at 18:33
I'll have a try~

[回复]
wilion 回复: 一月 22nd, 2010 at 22:43
我下载了gene_info.gz 这个文件并且整合进了SQL-Server
但跑不动搜索一次居然要40S 郁闷
您有什么好办法？

[回复]
柳城回复: 一月 23rd, 2010 at 08:35
那是你的服务器太差劲的缘姑了。几个重要的字段要建索引。。自己上网搜方法。

[回复]
丁香园阿杰 Says: 一月 16th, 2010 at 14:17
哈哈，居然看到生物信息学比较专业的站点啦！
浏览了一下，感觉做的不错阿！
希望做的更好，我以前也是想开个类似的网站的，只是一直没想好自己的盈利模式，就一直停留着。
现在丁香园做Perl，PHP开发。有空多联系阿！

[回复]
柳城回复: 一月 18th, 2010 at 08:51
前辈啊, 有空向你多多学习..

[回复]
杰回复: 一月 18th, 2010 at 11:51
系统刚才出现了一个小bug。我没有提交数据的时候，你们的服务器返回了结果。
至少在客户端用js进行拦截下。比如：
onclick="return checkForm()";
客户端检测就停止了，这样服务器负载会小点。
我这边的cookie应该没有清空吧。最好能检测到用户名，Email地址，网站，不用每次进行回复的时候重新输入。与用户交互会好点的

[回复]
杰回复: 一月 18th, 2010 at 11:51
你是个人进行维护的还是公司进行维护的啊？呵呵，你们在哪座城市？我在杭州，有空可以qq联系啊：706814758

[回复]
柳城回复: 一月 19th, 2010 at 09:47
博客而已嘛.肯定是个人了. 没啥维护的...你讲的情况应该都有的.. 这个bug不知为什么能给你碰到而已.. cookie也是有记录的..
少上Q.. 有空再加..

[回复]
SUN Says: 一月 16th, 2010 at 20:39
柳城博客：
你好，我想问一下，我已经有了某物种经过solexa测序后的文件，也用华大的soap进行了map，有了results。我的目的是找出该物种的miRNA，查了下文献，是要进行blast，把tRNA,mRNA等还有那些可能map到质粒或线粒体的序列给清除掉。那么该怎么用本地blast？最后能得到没有冗余的miRNA序列？
谢谢，期待你的回复
祝好

[回复]
柳城回复: 一月 19th, 2010 at 09:58
Hi, 具体我也没作过.. 所以也没办法提供大的帮助. 如果是做blast,那就是把tRNA,mRNA,质粒或线粒体的序列等放在一个文件当作blastdb. 至于本地blast的用法,上网搜搜都有了.
然后要得到没有冗除的miRNA序列, 可以对本身进行blast.

[回复]
颖lily Says: 一月 18th, 2010 at 14:59
你好，我是生物信息的初学者，我从NCBI中下载了HBV（乙肝病毒）的基因组序列，大概有上千条，现在我想除去数据中不同版本的同一序列、人工构建的序列、基因组片段、动物HBV基因组序列，然后再限制HBV基因组序列的长度。到底应该怎么操作呢？有没有相关的软件？还是要靠编程呢？
请教哦
lily

[回复]
柳城回复: 一月 19th, 2010 at 10:00
Hi,
应该没什么可用的软件.. 去重复可用blast.. 其它的最好自己写个脚本..

[回复]
DDD Says: 一月 22nd, 2010 at 13:05
我想请教，我格式化nr那个文件，怎么每次都是不行啊。。我用的版本是win32 2.2.22，麻烦帮我写下格式化的代码！多谢

[回复]
柳城回复: 一月 22nd, 2010 at 16:11
不明白你的意思..

[回复]
CheonNii Says: 一月 22nd, 2010 at 18:13
我好像被和谐了

[回复]
DDD Says: 一月 23rd, 2010 at 00:36
呵呵，自己终于高明白了，能用了！多谢啦！在你博客上学会好多东西真高兴，哈哈！有什么好的基因组比较软件吗？能发一个吗？

[回复]
柳城回复: 一月 23rd, 2010 at 08:36
UCSC网站的Blat.

[回复]
鲁巷向天歌 Says: 一月 25th, 2010 at 11:25
经常来博主这取经，但是这次没找到答案，希望博主能赐教：
小弟有一段1kb左右的序列，想在里面找出5bp以上的重复序列，这个该如何实现呢？
也就是说，我想找出5bp或者更长的在我这段序列中重复出现的序列。
谢谢博主答复！

[回复]
柳城回复: 一月 25th, 2010 at 13:14
这不就是找ssr标记嘛。
国产：SSRhunter
perl: misa.pl
google一下就知道咯
在线：http://www.gramene.org/db/markers/ssrtool

[回复]
鲁巷向天歌回复: 一月 25th, 2010 at 19:44
谢谢博主赐教，但是小弟想找的不是微卫星序列，只要是在我的序列中重复出现的5bp以上的都是目标。举个例子：如果agttcgta这样的序列重复出现了，就是我需要的……
貌似比SSR标记要复杂一些吧！
期待博主继续赐教！谢谢！

[回复]
柳城回复: 一月 25th, 2010 at 19:47
没有吧，分明就是简单一些。用找微卫星的软件完成你这个，应该是小意思了。

[回复]
颖lily Says: 一月 30th, 2010 at 15:12
向老大请教下，我mega4 画进化树时 bootstrap值太低了，除了换运算模型外，不知道有没有什么办法，或是有哪些要点要注意的呢

[回复]
风舞清扬 Says: 二月 2nd, 2010 at 22:00
风舞清扬回访，最近有点忙，没有回访，抱歉

[回复]
shuxia Says: 二月 3rd, 2010 at 04:26
谢谢啦，最近正在学习引物设计啊什么的，从这里学到很到知识了，希望博客越来越好啊

[回复]
小七狼 Says: 二月 5th, 2010 at 17:31
偶也喜欢生物信息学，交换个链接吧：
网站名称：基因屋|GeneHouse
首页：http://www.genehouse.cn
logo地址：http://bbs.genehouse.cn/images/logo.gif
贵博链接已加之论坛首页。
谢谢

[回复]
柳城回复: 二月 7th, 2010 at 11:46
好。。

[回复]
何思畅 Says: 二月 7th, 2010 at 13:39
佩服柳城啊！我在做生物信息学时在你这里学了好多~
不过依然困难重重啊。我们老师说我做的不行，进化距离弄反了，做出来的绦虫在下面，人在上面，应该怎么办呢

[回复]
柳城回复: 二月 8th, 2010 at 13:13
进化距离弄反了是啥意思呢。呵。没明白呀。你从头再做一次看看呗。

[回复]
何思畅 Says: 二月 7th, 2010 at 13:41
进化树做反了。。

[回复]
ISeeUFO.com Says: 二月 8th, 2010 at 22:12
你的这个评论嵌套效果插件用的什么呀？还望不吝赐教

[回复]
柳城回复: 二月 9th, 2010 at 08:40
Wordpress Thread Comment

[回复]
sliver Says: 二月 10th, 2010 at 13:09
你的东西真的很棒，我学到很多。谢谢您

[回复]
柳城回复: 二月 10th, 2010 at 13:39
客气。祝你春节愉快。恭喜发财，多收红包。

[回复]
一加七 Says: 二月 13th, 2010 at 18:11
祝福博主，新年快乐。

[回复]
柳城回复: 二月 18th, 2010 at 13:01
新年快乐. 恭喜发财

[回复]
沙漠绿洲 Says: 二月 17th, 2010 at 23:30
非常非常感谢博主的博客，我是生物学初学者，在这里让我学到了很多很多知识。
请教一个初级问题，望别见笑啊：就是基因序列blast比较时，会得出E值、分数及一致性等指标，但同源性百分数是怎样得出的呢？急！

[回复]
柳城回复: 二月 18th, 2010 at 13:01
不知道你说的同源性,是不是指同源的意思. 我记得以前在看书的时候, 有看到"基因之间,要么同源,要么不同源,是没有同源性百分数这个东西的."
大概是这么个意思. 一般都会把"相似性或一致性"理解为同源性.
我猜你所讲的同源性应该就是一致性..

[回复]
沙漠绿洲回复: 二月 18th, 2010 at 15:33
没想到这么快就得到博主的回复，太高兴了！
比如有文献摘要中这样写“结果显示,OH99 株与O TY TW ö97 株的核苷酸同源性较高, 为91.14% , 而与O 1K、CH INA 99、A 12 等毒株的核苷酸同源性较低,其同源性分别为68.11%、71.10%、701.2%“，这里得出的同源性百分数就是DNAman中序列比较时得出的"一致性"百分数吗？

[回复]
柳城回复: 二月 18th, 2010 at 17:18
我觉得是的。好多人都是这么混用的。关于同源的概念你可以在书上找找。

[回复]
LEE Says: 二月 26th, 2010 at 14:07
柳城你好：
博客非常漂亮，用了你的百度插件，爽歪歪啊
有个问题想咨询一下， wordpress有没有一个插件是这样

我发表了一篇有关项目的文章，以后我要对这篇文章里面的事情做跟踪
但是我不想重新写一篇或者重新编辑文章，而是利用这个插件直接添加内容，
发表后可以直接显示在原来这篇文章的后面，相当于是把两篇文章并在了一起

辛苦了

[回复]
柳城回复: 二月 28th, 2010 at 07:28
这个嘛。真不知道有这种插件。

[回复]
sea Says: 二月 27th, 2010 at 23:30
你好，能否推荐一个比较好的SEO插件？类似ALL IN ONE SEO的。

现在这类插件比较多，但大都有这样那样的问题。

[回复]
柳城回复: 二月 28th, 2010 at 07:29
我没用这种插件。据说有一个wordpress中文工具的。

[回复]
土狼妹妹 Says: 三月 1st, 2010 at 00:54
恭祝元宵节愉快

[回复]
柳城回复: 三月 1st, 2010 at 11:12
元宵节快乐.

[回复]
静心杨飞 Says: 三月 4th, 2010 at 22:02
博主你好！看到你的博客很兴奋！你是学生物信息的，我是电子信息的。

[回复]
柳城回复: 三月 5th, 2010 at 11:27
呵呵. 貌似这两个专业差远了.

[回复]
ren Says: 三月 8th, 2010 at 19:29
柳城兄你好，
我想查一下has-mir-21 的基因定位图，在Ensembl数据库就能查到，但我不知道怎么查;
还有miR-21 的茎环结构序列在miRbase 数据库，都不知道怎么能查到，麻烦你能指点迷津？？、？？
非常感谢啊

[回复]
柳城回复: 三月 9th, 2010 at 10:05
用hsa-mir-21在网站搜一下就有了. 你都打错了~
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000199004
http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000077

[回复]
上善若水 Says: 三月 8th, 2010 at 22:03
动物线粒体基因的结构图一般是用什么做的？不会是PS的吧？各基因之间的相对长度怎么把握？

[回复]
上善若水 Says: 三月 8th, 2010 at 22:04
动物线粒体基因组的结构图一般是用什么做的？不会是PS的吧？各基因之间的相对长度怎么把握？

[回复]
柳城回复: 三月 10th, 2010 at 12:48
能作得出来，什么软件都可以吧~

[回复]
小白 Says: 三月 10th, 2010 at 14:56
，博主真的很博学呀，受教了！

[回复]
半瓶醋 Says: 三月 11th, 2010 at 14:10
博主，您好！
小弟是一名本科大四学生，现在面临做毕业论文的问题，小弟想做生物信息学方向的，基础的知识掌握的还比较好，但是想不出什么好的方向，能不能麻烦楼主指点一下，最好是不用做实验的，只做分析的那种。谢谢了！

半瓶醋

[回复]

留下脚印

SPONSORED

Page | 留言本

Hi, 有什么问题或建议请在这里留言! 我回尽快回复~

493条评论 于 “留言本”

留下脚印

最新评论

493条评论于 “留言本”