Glimmer简介

Glimmer用于微生物DNA的基因预测，特别是细菌、古细菌、和病毒等的基因组。Glimmer（Gene Locator and Interpolated Markov ModelER）采用内插马尔可夫模型（interpolated Markov models，IMMs）来识别编码区域和从非编码的DNA中区分出来。 Continue Reading

CGAP，The Cancer Genome Anatomy Project

CGAP简介

The goal of the NCI's Cancer Genome Anatomy Project is to determine the gene expression profiles of normal, precancer, and cancer cells, leading eventually to improved detection, diagnosis, and treatment for the patient. By collaborating with scientists worldwide, CGAP seeks to increase its scientific expertise and expand its databases for the benefit of all cancer researchers.

CGAP计划是一项由NCI建立和主持的交叉学科的计划，用来产生用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具。CGAP被分为五个互补的自主部分，每一个都有它自己的目的，信息学工具和资源。The Human Tumor Gene Index (hTGI)人类肿瘤基因索引指明了在人类肿瘤发生过程中的基因表达。Molecular Profiling (MP)分子表达谱展示了用前列腺作为例子来从分子水平分析人类组织样品的概念。The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌症染色体变异计划（CCAP）描述了同恶性转移相关的染色体改变。The Genetic Annotation Index (GAI)遗传注解索引指明和描绘了同癌症相关的多态性。The Mouse Tumor Gene Index (mTGI)小鼠肿瘤基因索引（mTGI）确定了在小鼠肿瘤发生过程中的基因表达。 Continue Reading

7.4 基因组水平蛋白质功能综合预测

蛋白质之间的功能联系

基因组测序计划在产生完全的组成多个亚单位装配和信号通路的蛋白质列表方面取得里程碑式的业绩。这些装配和通路现在必然被制图，Marcotte等和Enright等在此方面走了显著一步。这两个研究小组发展了不是通过氨基酸序列相似性比较的其他特性联系起蛋白质的计算方法。通过比较系统发育（进化）谱和表达类型，以及通过分析结构域融合（domain fusions）新方法识别在代谢通路、信号通路或结构复合体上功能相关的蛋白质。 Continue Reading

6 基因组序列信息分析

DNA序列自身编码特征的分析是基因组信息学研究的基础，特别是随着大规模测序的日益增加，它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接、填补序列间隙、到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设计和信息分析时刻联系在一起。 Continue Reading

墨西哥猪流感病毒是A/H1N1型，这一毒株是一种新型变异病毒，是人类流感病毒、北美洲禽.流感病毒，以及北美洲、欧洲和亚洲猪流感病毒的混合体，由来自猪源、人源、禽源的8个基因片段重排组合而成，从基因组测序的结果来看，今年注射的流感疫苗对其没有预防作用。“这次发生在墨西哥的人患猪流感疫情是典型的病毒跨种界传递。从基因组测序的结果来看，今年注射的流感疫苗对其没有预防作用。”4月26日，中科院微生物研究所研究员、“973”课题“动物源性病毒跨种界传播的分子机制”首席科学家高福对《科学时报》表示。 Continue Reading