NCBI搜索基因序列的实例分析之：关于mIgG1 Fc段与Gitr的基因序列

来看问题~

1，mIgG1 Fc段的基因序列是什么？怎么搜？

2，关于鼠的IgG1 Fc的CDS在NCBI上还是没找到（可能是不太会用），还有想知道鼠的GITR胞外段序列该怎么找？

分析问题：

问题太过简单。只有关键词mIgG1、Fc、GITR、基因、序列。不知道的人完全搞不明白，因为像mIgG1、Fc、GITR这些关键词所匹配的基因太多了。

如加一些描述性的信息，Fc与GITR基因，全称是什么。功能啊之类的。要找什么物种的基因啊。 Continue Reading

6 基因组序列信息分析

DNA序列自身编码特征的分析是基因组信息学研究的基础，特别是随着大规模测序的日益增加，它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接、填补序列间隙、到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设计和信息分析时刻联系在一起。 Continue Reading

4月27-4月29，短短三天时间，NCBI已经有了78条猪流感病毒的序列。速度之快，令人叹服呀。

大部分的序列是由美国疾病控制与预防中心（CDC，The Centers for Disease Control and Prevention ）提交，其中有一条是德国雷根斯堡大学（University of Regensburg）在2009/04/29提交的。 Continue Reading

转自：PerlChina.org

有两种方法： 1, 使用 Bio::DB::GenBank （使用Web Interface获取序列数据，当需要获取大量数据的时候不建议使用，否则 ip 有可能被 ban） 2, 下载整个 NCBI 数据库到本地，使用 Bio::DB::Flat 对它建立 index。 Continue Reading

NCBI提供了一个序列修订版历史查询的工具。用序列的GI Number或Accession Number，通过这个工具就能查到该序列的历史记录，最早提交的时间，修订的时间等等。非常的棒。 Continue Reading

GI number及Accession.Version就像是序列的身份证号码一样。通过这个号码，我们能在NCBI/DDBJ/EMBL等数据库查到该序列的数据。

问题：
为什么会有两种类型的序列标识符（GI number、Accession.Version），两者之间又有什么不同呢？ Continue Reading

最近经常泡NCBI，头都痛了。不过，还是学到了一些东西的。
看了一些NCBI的PowerScripting，太复杂了，目前只能看懂了一些。也下载了一些教程，无奈头痛呀，好多看不明白。
虽然如此，成果还是有一些的。也不枉这几天的学习。
了解PowerScripting之后，发觉这套系统真是太强大了。不可思议呀。真想马上学会。 Continue Reading

事实上，在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天先介绍着一种，以后有必要再介绍其它的。通过Blast是一种办法，但不够直观，需要判断的条件要多一些，经验也需要多一些。如果条件允许的话，我们可以借助其它一些专门的软件,让事情变得容易。 Continue Reading