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Plot of NP_004170

NCBI工具:BLAST 2 Sequences的用法

BLAST 2 Sequences,在很早前NCBI就有提供这种工具的了。最近在2008年底又重新改版了,改版后的功能更加强大。有许多非常实用,但你可能不是太清楚的功能。这里大概提一下,具体的详细用法,还是要靠你自己慢慢摸索。

功能介绍:

  • 1,两个序列之间的比对(BLAST 2 Sequences),这是最初的功能
  • 2,BLAST 多个序列。
  • 3,BLAST 2 Sequences时,还能用点矩阵图(Dot Matrix)查看
  • 4,BLAST 多个序列时,还能进一步做进化树分析。

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如何在NCBI实现大批量数据的一一对应

有时我们手头会有一批数据,或者是只有大量的某些id。比方说:accession number、gi、geneid、symbol、gounigene、pubmed、taxid等等。事实大部分数据库都会有提供一些专门的文件或工具来实现这些数据间大批量的一一对应。

先来讲讲NCBI的。

用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov(windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastget等下载工具)。cd gene/DATA(windows下依次找到gene/DATA这个文件夹)。ls一下,里面的文件大概有: 阅读更多