用BioPerl解析Blast的代码。相关的文章请看：Bioperl:使用和解析 BLAST

用法: perl blast.pl out.blast out.parser

out.blast是blast的结果文件。out.parser是解析后输出的结果保存文件。 Continue Reading

其实BioPerl的功能很强大。但是用的人却不多。最根本的原因可能是，太多数人都还是新手，相对而言Perl很难懂，不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安装也很复杂。又不像Perl一样打包成一个安装包，一键安装。

到现在，我前前后后安装过BioPerl好几次，每次都觉得很复杂，很难懂。我又不是计算机专业出身的，真的是连最基本的计算机算法或原理都是不懂的。我学BioPerl的确感到吃力。所以，接触了BioPerl这么久，都只是用BioPerl从NCBI上拿序列。其它的功能还没真正接触。

接下来可能花些时间慢慢学习。首先先安装好Perl（http://www.perl.org/get.html） Continue Reading

这里所说的序列格式，都是实际应用中常常碰到的格式。例如Genbank格式、Fasta格式等。

大致上支持以下的格式： Continue Reading

在对序列进行读写操作的时候需要对序列进行格式化，不同格式之间的转换往往是非常复杂的过程，虽然这些是perl程序的长项，即模式匹配和字符操作，但在写一个较长的程序的时候怎样提供一个规范化的接口，不仅使得输入变得轻松，在不同输出要求的时候通过修改一两个参数完全适应不同的情况。

其实这样的接口很多，很多程序包例如emboss、cgc都有这样的功能，当然也可以在perl程序中调用，但BioPerl提供的可能是最强大也是最简单的解决方案。 Continue Reading

下面是一个BioPerl的小程序，可以把Genbank格式的序列转换为png图片-基因结构图，显示序列的长度，CDS区，exon区，STS区等。简单地讲就是把该序列的Genbank格式里的信息用图片表示。 这个程序来源于网络。

下面举个例子，以NM_172587为例。 Continue Reading

下面是一个BioPerl小脚本, 用于解析Blast的结果. Continue Reading

The  script parsing Genbank format  to CDS and protein sequences.

seq_parsing.pl Continue Reading

转自:Perlchina.org

使用和解析 Blast
在生物信息学中最流行的数据库搜索程序就是 BLAST 了，和前面获取序列数据的原则一样，也有两种方法可以让你使用BLAST：在 NCBI 等站点上运行它并得到返回结果，或者下载到本地运行。 Continue Reading