这标题最长。哈哈。好吧，进入正题。

问题如下:

我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子和外显子的序列？ Continue Reading

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。

1，Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对

Standard protein BLAST is designed for protein searches.

Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。 Continue Reading

三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。

简单而言

BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。

MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。

Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。 Continue Reading

　Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

　　BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。 Continue Reading

ORF Finder和Glimmer两个都是基因预测的NCBI在线工具:

ORF Finder的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/，

Glimmer在线的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi

关于ORF Finder的详细介绍看：ORF Finder使用说明及基因预测
关于Glimmer的详细介绍看： 微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer Continue Reading

Glimmer简介

Glimmer用于微生物DNA的基因预测，特别是细菌、古细菌、和病毒等的基因组。Glimmer（Gene Locator and Interpolated Markov ModelER）采用内插马尔可夫模型（interpolated Markov models，IMMs）来识别编码区域和从非编码的DNA中区分出来。 Continue Reading

GeneFisher提供一个在线的简并引物设计工具，基础是同源基因。目前的版本是2.0，加入了AJAX技术。

主页：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/ Continue Reading

GenBank的序列很多，有时我们需要批量下载。这里介绍几种办法，如何从NCBI批量下载GenBank序列。有不对的地方，欢迎指正。

批量下载前须知

批量下载前，我们必须先清楚，下载大量的数据，对服务器是一种非常大的挑战。对网络也是一种大的挑战。NCBI的数据都是免费提供下载的，所以你要清楚，尽量不要使用多线程的工具下载，因为你的IP有可能给封；不要太频繁的大批量下载，中间要有间隔（即使是几秒）； Continue Reading