Tag Archive | "blast"

Blast的汇总,从入门到应用

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Blast的汇总,从入门到应用

Posted on 18 五月 2010 by 柳城 ,阅读 2,671

Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友,没玩过Blast,那好像是不大可能的。

Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门,但要真正学好,还是蛮复杂的。但是常用的,还是要了解一些的。

今天就来汇总一下,关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。

都是热门啊。 Continue Reading

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如何批量Blast

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如何批量Blast

Posted on 02 二月 2010 by 柳城 ,阅读 1,285

批量做Blast的问题还是蛮多网友问起的。既然这样,在这里就稍微讲讲吧。其它的Blast基础知识就略过了,不懂的就去Google本地Blast用法

这篇文章默认为你已有了Blast的基础。 Continue Reading

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Blast2.2.21版本的一个BUG

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Blast2.2.21版本的一个BUG

Posted on 02 二月 2010 by 柳城 ,阅读 214

在前些日子,我已经发表过一篇文章,指出Blast较低版本的一个Bug,是非标准密码子的问题。有兴趣的请围观:http://liucheng.name/1109/

又一个BUG的发现

最近有一个同事,在使用Blast时又发现一个奇异的结果。如用下面的氨基酸序列做Blastp: Continue Reading

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Notice: NCBI系统维护

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Notice: NCBI系统维护

Posted on 13 十一月 2009 by 柳城 ,阅读 294

NCBI系统维护,北京时间:2009/11/14  4:00AM ~ 11/15号 9:00AM

在这段时间期间,PubMedBlast等服务将受到影响,出现间隔性地缓慢(如果出现NCBI上不了也是属于正常的)。

还有,像数据提交这类系统,如BankIt,GEO, SRA,PubChem等将会暂时停用。 Continue Reading

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发现低版本Blast程序的一个BUG与非标准密码子

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发现低版本Blast程序的一个BUG与非标准密码子

Posted on 03 十一月 2009 by 柳城 ,阅读 276

Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。关于BLAST程序的详细介绍看: http://liucheng.name/1008/

 在做BLAST序列比对的过程中,发现了一个比较奇异的问题。 Continue Reading

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Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍

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Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍

Posted on 25 九月 2009 by 柳城 ,阅读 1,842

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。

1,Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对

Standard protein BLAST is designed for protein searches.

Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样,目的是要找到相似的区域。 Continue Reading

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BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别

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BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别

Posted on 25 九月 2009 by 柳城 ,阅读 1,160

三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。

简单而言

BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢,但允许更短序列的比对(如短到7个碱基的序列)。

MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列,它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性,而只注重被比对序列是否是数据库未收录的,是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。

Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度(sensitivity)更高,用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。 Continue Reading

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BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具

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BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具

Posted on 25 九月 2009 by 柳城 ,阅读 1,696

 Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

  BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法,您可以参考NCBI的BLAST Course ,该页有BLAST算法的介绍。 Continue Reading

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