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用BioPerl解析blast的代码

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用BioPerl解析blast的代码

Posted on 13 八月 2009 by 柳城 ,阅读 799

BioPerl解析Blast的代码。相关的文章请看:Bioperl:使用和解析 BLAST

用法: perl blast.pl out.blast out.parser

out.blast是blast的结果文件。out.parser是解析后输出的结果保存文件。 Continue Reading

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NCBI工具:BLAST 2 Sequences的用法

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NCBI工具:BLAST 2 Sequences的用法

Posted on 13 七月 2009 by 柳城 ,阅读 1,140

Blast 2 Sequences,在很早前NCBI就有提供这种工具的了。最近在2008年底又重新改版了,改版后的功能更加强大。有许多非常实用,但你可能不是太清楚的功能。这里大概提一下,具体的详细用法,还是要靠你自己慢慢摸索。

功能介绍:

  • 1,两个序列之间的比对(BLAST 2 Sequences),这是最初的功能
  • 2,BLAST 多个序列。
  • 3,BLAST 2 Sequences时,还能用点矩阵图(Dot Matrix)查看
  • 4,BLAST 多个序列时,还能进一步做进化树分析。

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构建Web页面的Blast(windows/linux)

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构建Web页面的Blast(windows/linux)

Posted on 11 七月 2009 by 柳城 ,阅读 834

准备1:Linux下载Blast。看最新版的blast下载,找到适合你的版本。假设安装在/usr/NCBI/blast/

准备2:php环境,运行一个例子看看。如果一切胜利。正常情况下,一般需要在你用户名(如zhenglc)下建个文件夹public_html,里面随便放个页面。内容可以是: Continue Reading

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用Perl下载NCBI的Blast库(Blastdb)

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用Perl下载NCBI的Blast库(Blastdb)

Posted on 11 七月 2009 by 柳城 ,阅读 641

有时你要构建本地的Blast,需要用到NCBI已经构建好的Blastdb。可以用FTP下载。这里NCBI还提供一个Perl程序来下载NCBIblast库。

update_blastdb.pl - Download pre-formatted BLAST databases from NCBI。右键另存为 Continue Reading

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最新版的blast下载

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最新版的blast下载

Posted on 11 七月 2009 by 柳城 ,阅读 1,847

NCBI最新版的Blast可以通过FTP下载。目前的最新版本是2.2.20

 下面的wwwblast所指的是已经构建好的基于web页面的blast。windows下的版本还没有。

platform    blast      netblast     wwwblast Continue Reading

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图文讲解如何用Blast验证引物-补充说明

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图文讲解如何用Blast验证引物-补充说明

Posted on 11 六月 2009 by 柳城 ,阅读 2,014

介绍:

This search is similar to the standard protein-protein Blast with the parameters set automatically to optimize for searching with short sequences.

Find primer binding sites or map short contiguous motifs

说明:

上一篇文章:图文讲解如何用Blast验证引物,应该是比较旧了。Blast界面改版后,现在的链接(Search for short, nearly exact matches)已经不在。没办法,NCBI经常更新的。 Continue Reading

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blast formatdb 介绍

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blast formatdb 介绍

Posted on 05 六月 2009 by 柳城 ,阅读 1,621

在对核苷酸或蛋白质序列数据库进行Blast搜索之前,必须要对所使用的序列数据库进行formatdb, 即对序列数 据库进行格式化,这是所有使用BLAST所必须的一步。

格式化序列数据库— —formatdb Continue Reading

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图文讲解如何用Blast验证引物

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图文讲解如何用Blast验证引物

Posted on 30 五月 2009 by 柳城 ,阅读 3,625

1、进入Blast网页:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

2、点击Search for short, nearly exact matches Continue Reading

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