用BioPerl解析Blast的代码。相关的文章请看：Bioperl:使用和解析 BLAST

用法: perl blast.pl out.blast out.parser

out.blast是blast的结果文件。out.parser是解析后输出的结果保存文件。 Continue Reading

Blast 2 Sequences，在很早前NCBI就有提供这种工具的了。最近在2008年底又重新改版了，改版后的功能更加强大。有许多非常实用，但你可能不是太清楚的功能。这里大概提一下，具体的详细用法，还是要靠你自己慢慢摸索。

功能介绍：

• 1，两个序列之间的比对（BLAST 2 Sequences），这是最初的功能
• 2，BLAST 多个序列。
• 3，BLAST 2 Sequences时，还能用点矩阵图（Dot Matrix）查看
• 4，BLAST 多个序列时，还能进一步做进化树分析。

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准备1：Linux，下载Blast。看最新版的blast下载，找到适合你的版本。假设安装在/usr/NCBI/blast/

准备2：php环境，运行一个例子看看。如果一切胜利。正常情况下，一般需要在你用户名（如zhenglc）下建个文件夹public_html，里面随便放个页面。内容可以是： Continue Reading

有时你要构建本地的Blast，需要用到NCBI已经构建好的Blastdb。可以用FTP下载。这里NCBI还提供一个Perl程序来下载NCBI的blast库。

update_blastdb.pl - Download pre-formatted BLAST databases from NCBI。右键另存为 Continue Reading

在NCBI最新版的Blast可以通过FTP下载。目前的最新版本是2.2.20

 下面的wwwblast所指的是已经构建好的基于web页面的blast。windows下的版本还没有。

platform    blast      netblast     wwwblast Continue Reading

介绍:

This search is similar to the standard protein-protein Blast with the parameters set automatically to optimize for searching with short sequences.

Find primer binding sites or map short contiguous motifs

说明:

上一篇文章:图文讲解如何用Blast验证引物，应该是比较旧了。Blast界面改版后，现在的链接（Search for short, nearly exact matches）已经不在。没办法，NCBI经常更新的。 Continue Reading

在对核苷酸或蛋白质序列数据库进行Blast搜索之前，必须要对所使用的序列数据库进行formatdb， 即对序列数 据库进行格式化，这是所有使用BLAST所必须的一步。

格式化序列数据库— —formatdb Continue Reading

1、进入Blast网页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

2、点击Search for short, nearly exact matches Continue Reading