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如何用COBALT构建本地的多序列比对(Linux系统)

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具,也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章”  COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具) ”。

这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对,在Linux系统的配置步骤如下: 阅读更多

COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具)

COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具)

COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived from conserved domain database, protein motif database, and sequence similarity, using RPS-BLAST, BLASTP, and PHI-BLAST.
Pairwise constraints are then incorporated into a progressive multiple alignment.

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具,其实用法跟ClustalW是很像的。算法应该是不一样的。在我看来,COBALT是应该更加精确的。因为COBALT在多序列比对的同时,也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。最后比对的结果可以生成系统进化树。COBALT算是NCBI在线Blast功能的一个的延伸。 阅读更多