在NCBI最新版的Blast可以通过FTP下载。目前的最新版本是2.2.20

 下面的wwwblast所指的是已经构建好的基于web页面的blast。windows下的版本还没有。

platform    blast      netblast     wwwblast Continue Reading

         Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。 Continue Reading

本地Blast的详细使用方法

blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10
解释如下：

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