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ClustalW、ClustalX介绍及最新版下载地址

柳城 — Fri, 24 Apr 2009 07:44:45 +0000

Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。根据相似性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分，Clusal可以输出用于构建进化树的数据。

Clustal程序有许多版本，ClustalW（Thompson等，1994），根据对亲缘关系较近的序列间空位情况，确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。同样，相似性较高的序列比对结果中的残基突变信息，可用于改变某个特殊位置空位罚分值的大小，推测该位点的序列变异性。

　　ClustalX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

下列网站提供在线ClustalW服务:

http://align.genome.jp/ (推荐)

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/

http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html

http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_clustalw.html

http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html

ClustalW、ClustalX最新版本下载，目前最新版本为2.0.11，有WIN版本和Linux版本:

http://www.clustal.org/download/current/

EMBL的下载地址：

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/

参考文献：
Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG.
(2007). Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics, 23, 2947-2948.

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本地blast的详细用法

柳城 — Fri, 03 Apr 2009 01:40:23 +0000

本地Blast的详细使用方法

blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10
解释如下：

blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的)

-p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸 blastp 是蛋白质对蛋白质序列等等，一共5个自程序。

-i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式）

-d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb)

-o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径)
*注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！

-a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU

-F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能)

-T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T

-e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！

BLASTALL 用法

a.格式化序列数据库
格式化序列数据库— —formatdb

formatdb简单介绍:
formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。

formatdb命令行参数:
formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍，

主要参数的说明:

-i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional

-p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库

    T – protein   F - nucleotide [T/F] Optional default = T

-a 输入数据库的格式是ASN.1（否 则是FASTA）

    T - True,     F - False.    [T/F] Optional default = F

-o 解析选项

    T - True: 解析序列标识并且建立目录

    F - False: 与上相反

   [T/F] Optional default = F

命令示例:

formatdb -i ecoli.nt -p F -o T

运行此命令就会在当前目录下产生用于BLAST搜索的7个文件，一旦如上的formatdb命令执行完毕，就不再需要ecoli.nt，可以移除。此时，blastall可以直接使用。

b.Blastall常用参数简析
-p Program Name [String]
所用程序名称[String]，用户可以根据需要从blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx中任选一程序。

-d Database [String] default = nr
所用序列数据库的名称 [String]，默认为：nr

-i Query File [File In] default = stdin
所用查询序列文件[File In]，默认为：stdin，本文例为 test.txt

-e Expectation value (E) [Real] default = 10.0
期望值[Real] 默认为10.0 描述搜索某一特定数据库时，随机出现的匹配序列数目。

-m alignment view options: 比对显示选项，其具体的说明可以用以下的比对实例说明
0 = pairwise,显示具体匹配信息（缺省）
1 = query-anchored showing identities,查询-比上区域，显示一致性
2 = query-anchored no identities,查询-比上区域，不显示一致性
3 = flat query-anchored, show identities,查询-比上区域的屏文形式，显示一致性
4 = flat query-anchored, no identities,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性
5 = query-anchored no identities and blunt ends,查询-比上区域，不显示一致性，无突然的结束
6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性
7 = XML Blast output,XML格式的输出
8 = tabular,TAB格式的输出
9 =tabular with comment lines,带注释行的TAB格式的输出
10 =ASN, text,文本方式的ASN格式输出
11 =ASN, binary [Integer] default = 0,二进制方式的ASN格式输出

-m 8 用法举例说明如下：
A_query    B_Sbjct    97.61    585    3    3    309    886    94498    95078    0.0    1017
A_query    B_Sbjct    100.00    303    0    0    913    1215    95092    95394    2e-172    601
A_query    B_Sbjct    100.00    209    0    0    1    209    94196    94404    3e-116    414
A_query    B_Sbjct    100.00    123    0    0    1234    1356    95413    95535    6e-65    244
A_query    B_Sbjct    100.00    41    0    0    210    250    94096    94136    5e-16    81.8
A_query    B_Sbjct    100.00    35    0    0    251    285    94440    94474    2e-12    69.9
A_query    B_Sbjct    100.00    29    0    0    885    913    95747    95775    7e-09    58.0
A_query    A_query    97.61    585    3    3    309    886    403    983    0.0    1017
A_query    A_query    100.00    303    0    0    913    1215    997    1299    2e-172    601
A_query    A_query    100.00    209    0    0    1    209    101    309    3e-116    414
A_query    A_query    100.00    123    0    0    1234    1356    1318    1440    6e-65    244
A_query    A_query    100.00    41    0    0    210    250    1    41    5e-16    81.8
A_query    A_query    100.00    35    0    0    251    285    345    379    2e-12    69.9
A_query    A_query    100.00    29    0    0    885    913    1652    1680    7e-09    58.0

结果12列
Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------

-o BLAST report Output File [File Out] Optional default = stdout,BLAST报告的输出文件[File Out] 默认为：stdout

-F Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String] default = T
查询序列过滤，将那些给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉。用blastn进行查询的序列用DUST程序过滤，其他的用SEG过滤。对DUST和SEG的详细情况，用户可以自己查询资料。

-G Cost to open a gap (zero invokes default behavior) [Integer] default = 0
空位开放罚分[Integer] (设为0则调用默认行为) 默认为0分

-E Cost to extend a gap (zero invokes default behavior) [Integer] default = 0
空位扩展罚分[Integer] (设为0则调用默认行为) 默认为0分

-T Produce HTML output [T/F] default = F
以网页形式打印

-X X dropoff value for gapped alignment (in bits) (zero invokes default behavior)
blastn 30, megablast 20, tblastx 0, all others 15 [Integer]，default = 0

-I Show GI's in deflines [T/F] default = F
提示行显示GI number 默认不显示

-q Penalty for a nucleotide mismatch (blastn only) [Integer] default = -3
核酸序列基对不匹配所罚分数(blastn only) [Integer] 默认罚3分

-r Reward for a nucleotide match (blastn only) [Integer] default = 1
核苷酸序列基对匹配所加分数(blastn only) [Integer] 默认加1分

-g Perfom gapped alignment (not available with tblastx) [T/F] default = T
是否执行带缺口的比对(not available with tblastx) 默认为是

-a Number of processors to use [Integer] default = 1
使用处理器的数目[Integer] 默认为单机

-B Number of concatenated queries, for blastn and tblastn [Integer] Optional default = 0
需要联配查询的序列数目 for blastn and tblastn [Integer] 默认为单序列

-M Matrix [String],default = BLOSUM62 打分矩阵，默认BLOSUM62

-W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [Integer] default = 0
所开窗口

-w Frame shift penalty (OOF algorithm for blastx) [Integer] default = 0
窗口罚分

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