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Perl处理Fasta序列的又一实例

今天再来分享一小段Perl脚本,其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。

网友niche Says:

你好,你有没有分割fasta文件的perl脚本,我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件,谢谢!

如果不懂fasta文件,可以再看一下解释阅读更多

快速提取序列的Perl脚本

是这么回事的,整理一下一些有用的提问。感谢大家的提问。

网友sun:

我从miRbase数据库下载到了,matrue.fa,即里面有测出来的物种的成熟miRNA,里面有human 我想用perl把human的提出来另外存到一个文件.这是其中人的一条的
>hsa-miR-96 MIMAT0000095 Homo sapiens miR-96
UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU
怎么把所有的都提出来.
ps:正则表达式不是这个$s=~/^>hsa/期待你的回信.

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Perl:FastQ与FastA格式的相互转换

今天再介绍一个Perl的脚本,实现FastQ与FastA格式的相互转换。这个脚本还支持把SCARF格式转化为standard/Sanger FASTQ格式。

FASTQ根据来源的不同,可分为多种。如standard/Sanger FASTQ,Solexa/Illumina FASTQ,FASTQ-like forma等

关于FastQ的格式,详细请看:Fastq格式的详细说明

关于FastA格式,详细请看:Fasta格式的详细说明

而至于SCARF格式,因为我没接触过。所以具体也不是太清楚。 阅读更多

Fasta格式的详细说明

序列的Fasta格式是最经常看到的格式之一。下面简介说明一下什么是FASTA格式。

Fasta格式开始于一个标识符:”>”,然后是一行描述,下面是一行行的序列。每一行最好不要超过80个字母。

如: 阅读更多