是这么回事的,整理一下一些有用的提问。感谢大家的提问。
网友sun:
我从miRbase数据库下载到了,matrue.fa,即里面有测出来的物种的成熟miRNA,里面有human 我想用perl把human的提出来另外存到一个文件.这是其中人的一条的
>hsa-miR-96 MIMAT0000095 Homo sapiens miR-96
UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU
怎么把所有的都提出来.
ps:正则表达式不是这个$s=~/^>hsa/期待你的回信.
Posted on 04 一月 2010 by 柳城 ,阅读 778
Posted on 04 九月 2009 by 柳城 ,阅读 2,764
Posted on 10 八月 2009 by 柳城 ,阅读 755
Posted on 27 五月 2009 by 柳城 ,阅读 1,626
下面是一个BioPerl的小程序,可以把Genbank格式的序列转换为png图片-基因结构图,显示序列的长度,CDS区,exon区,STS区等。简单地讲就是把该序列的Genbank格式里的信息用图片表示。 这个程序来源于网络。
下面举个例子,以NM_172587为例。 Continue Reading
Posted on 23 四月 2009 by 柳城 ,阅读 1,168
| Nucleotide: | 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals 1个字母+5个数字 或 2个字母+6位数字 |
| Protein: | 3 letters + 5 numerals 3个字母+5位数字 |
| WGS: | 4 letters + 2 numerals for WGS assembly version + 6-8 numerals 4个字母+2位数字+WGS的版本+6-8位数字 |
| MGA: | 5 letters + 7 numerals 5个字母+7位数字 |
Posted on 22 四月 2009 by 柳城 ,阅读 273
Posted on 19 四月 2009 by 柳城 ,阅读 833
GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库,汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。这些文件按类别分为几组:有些按照系统发生学划分,另外一些则按照生成这些序列数据的技术方法划分。 Continue Reading
Posted on 13 四月 2009 by 柳城 ,阅读 200
GenBank Growth Statistics Continue Reading